SNP結果はSnpEffを用いて分析した.
SnpEff is a variant annotation and effect predict tool.It annotates and predcats the effects of variants on genes
詳しく説明してください.
http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_マンツール.
一、設置:
まずホームディレクトリでインストールパッケージをダウンロードします.
wgethttp://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip
その後、解凍を行います
unzip snpEff_latest_core.zip
snpEffディレクトリが作成されます.すべてのプログラムはここにあります.
二、自分のゲノムと注釈ファイルを配置する.
IWGSCv 1.0参照ゲノムを使用して、IWGSCv 1.0.faと命名されました.
ゲノム注釈ファイルはIWGSCv 1.0を使用してリリースされた:
iwgsc_refseqv 1.0_HighConf_2017 Mark 13.gff 3
iwgsc_refseqv 1.0_LowConf_2017 Mark 13.gff 3
上記二つのファイルを統合してgenes.gffというファイルにします.この名前なら注意してください!!
上記の書類を準備してから
まずプロファイルを編集し、新しいゲノムのイベントに参加します.設定ファイルはsnpEffディレクトリの下で、設定ファイル名はsnpEff.com figです.viで編集(または他のテキストエディタ)を行い、次の2行を追加します.
ヽoo.net genome,version IWGS Cv 1.0
IWGS Cv 1.0.genome:wheat
終了を保存します.
それともsnpEffファイルの下でディレクトリdataを作成しますか?
mkdir data
cd data
dataディレクトリで、IWGSCv 1.0とgenomesディレクトリを作成します.
mkdir IWGS Cv 1.0
mkdir genoems
あなたのgff 3コメントファイルをIWGSCv 1.0ディレクトリの下に置いてください.
あなたの参考シーケンスファイルをgenomesディレクトリの下に置いてください.
完了したらsnpEffディレクトリに戻り、命令を実行します.
まずvcfファイルのcopyをdataディレクトリの下に行きます.
ここでは、私たちがよく使う90 K SNPチップを例に挙げて、VCCFフォーマットに変換しました.
snpEff_genes.txt
snpEff_summary.
90 k_snp.eff.vcf
四、結果の説明:
snpEff_genes.txtとsnpEff_summary.は簡単です.開けば分かります.
各SNPの情報は90 k_に保存されています.snp.eff.vcfの中で、開けた後に少し蒙古があるかもしれなくて、下のURLを参考にしてよく理解しました.
http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_マンツール.
このように多くのSNPはさらに選別して、後で紹介する機会があります.
Wheat Omics
に注目してください.
詳しく説明してください.
http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_マンツール.
一、設置:
まずホームディレクトリでインストールパッケージをダウンロードします.
wgethttp://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip
その後、解凍を行います
unzip snpEff_latest_core.zip
snpEffディレクトリが作成されます.すべてのプログラムはここにあります.
二、自分のゲノムと注釈ファイルを配置する.
IWGSCv 1.0参照ゲノムを使用して、IWGSCv 1.0.faと命名されました.
ゲノム注釈ファイルはIWGSCv 1.0を使用してリリースされた:
iwgsc_refseqv 1.0_HighConf_2017 Mark 13.gff 3
iwgsc_refseqv 1.0_LowConf_2017 Mark 13.gff 3
上記二つのファイルを統合してgenes.gffというファイルにします.この名前なら注意してください!!
上記の書類を準備してから
まずプロファイルを編集し、新しいゲノムのイベントに参加します.設定ファイルはsnpEffディレクトリの下で、設定ファイル名はsnpEff.com figです.viで編集(または他のテキストエディタ)を行い、次の2行を追加します.
ヽoo.net genome,version IWGS Cv 1.0
IWGS Cv 1.0.genome:wheat
終了を保存します.
それともsnpEffファイルの下でディレクトリdataを作成しますか?
mkdir data
cd data
dataディレクトリで、IWGSCv 1.0とgenomesディレクトリを作成します.
mkdir IWGS Cv 1.0
mkdir genoems
あなたのgff 3コメントファイルをIWGSCv 1.0ディレクトリの下に置いてください.
あなたの参考シーケンスファイルをgenomesディレクトリの下に置いてください.
完了したらsnpEffディレクトリに戻り、命令を実行します.
java -jar snpEff.jar build -gff3 -v Osativa_204三、統計実行を開始します.まずvcfファイルのcopyをdataディレクトリの下に行きます.
ここでは、私たちがよく使う90 K SNPチップを例に挙げて、VCCFフォーマットに変換しました.
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER
chr1A 798845 BobWhite_c1859_469 T C 1000 PASS
chr1A 1145448 BS00000713_51 A G 1000 PASS
chr1A 1145499 BS00023176_51 C T 1000 PASS
chr1A 1159689 IACX7339 A G 1000 PASS
java -Xmx8g -jar snpEff.jar IWGSCv1.0 data/90k_snp.vcf > 90k_snp.eff.vcfコマンド実行が完了したら、snpEffディレクトリの下に三つのファイルが作成されます.snpEff_genes.txt
snpEff_summary.
90 k_snp.eff.vcf
四、結果の説明:
snpEff_genes.txtとsnpEff_summary.は簡単です.開けば分かります.
各SNPの情報は90 k_に保存されています.snp.eff.vcfの中で、開けた後に少し蒙古があるかもしれなくて、下のURLを参考にしてよく理解しました.
http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_マンツール.
このように多くのSNPはさらに選別して、後で紹介する機会があります.
Wheat Omics
に注目してください.