CGAT-Computational Genomics Analysis Toolsインストール

環境:CentOS 6.5
CentOSのデフォルトではpython 2が必要です.7ですのでpython 2をインストールします.7.
メソッドリファレンス:

./configure --prefix=/usr/local   

make && make altinstall

yumはpython 2に依存するためである.6ですのでaltinstallが必要です.
https://www.digitalocean.com/community/articles/how-to-set-up-python-2-7-6-and-3-3-3-on-centos-6-4
インストールに必要なパッケージ:

yum groupinstall -y 'development tools'

yum install -y zlib-dev openssl-devel sqlite-devel bzip2-devel

yum install gcc-gfortran blas-devel lapack-devel

setuptoolsをインストールします.

# Let's download the installation file using wget:
wget --no-check-certificate https://pypi.python.org/packages/source/s/setuptools/setuptools-1.4.2.tar.gz

# Extract the files from the archive:
tar -xvf setuptools-1.4.2.tar.gz

# Enter the extracted directory:
cd setuptools-1.4.2

# Install setuptools using the Python we've installed (2.7.6)
python2.7 setup.py install

pipをダウンロードします.

curl https://raw.github.com/pypa/pip/master/contrib/get-pip.py | python2.7 -

bx-pythonをインストールします.
easy_install https://bitbucket.org/james_taylor/bx-python/get/tip.tar.bz2
公式サイトでcgatをダウンロードします.
https://github.com/CGATOxford/cgat
ソースコードコンパイルbedtools
生成されたプログラムの統合配置/usr/local/bin
boostライブラリソースコード方式インストール(インストールしないとalignlibのインストールに影響します)
リファレンスhttp://nyc1991.blog.51cto.com/6424159/1133388
./configure
./b2 --prefix=/usr/local install
Rコンパイルインストール
Rpy 2インストール
http://compbio.tongji.edu.cn/~sunhf/?p=124
pip方式インストール依存パッケージ
pip2.7 install cython
pip2.7 install numpy
pip2.7 install pysam
pip2.7 install https://bitbucket.org/james_taylor/bx-python/get/tip.tar.bz2
pip2.7 install biopython
pip2.7 install pybedtools
pip install matplotlib
pip install scrpy
最後にpipでcgatをインストール
pip2.7 install cgat
プログラムは最後に/usr/local/cgatにインストールされました