Azure や Office 365 の管理者の方は、指が覚えているくらいの内容かと思いますが、自分はしょっちゅう忘れてしまうので、備忘録として残しておきます。

準備

Microsoft Azure Active Directory Module for Windows PowerShell のインストール

そのコンピューターから初めて PowerShell から Azure AD に接続する場合は、Microsoft Azure Active Directory Module for Windows PowerShell (日本語名: Microsoft PowerShell の Microsoft Azure Active Directory モジュール) のインストールが必要です。
この作業は、その PC では2回目以降は必要ありません。

以下のサイトからモジュールをダウンロードします。(最初は「ん？Office のダウンロードかな？」と勘違いしましたが、上の部分は広告なのでちょっとややこしいですね。)
IT プロフェッショナル 用 Microsoft Online Services サインイン アシスタント RTW

これから PowerShell を実行するコンピューターの OS が32ビットなら上の方、64ビットなら下の方を選択してダウンロードします。

この後、ダウンロードした実行ファイルをクリックしてインストールします。コンピューターへの適切な管理者権限があれば特に困るところありません。

PowerShell へのインストール

コンピューターへインストールするだけでは利用できず、PowerShell 上で機能を有効化するためのインストール作業が必要になります。
まず、インストールが必要なため、PowerShell に管理者として実行します。

以下を実行します。

Install-Module MSOnline

Y を押します。

もう一回、Y を押します。

Azure AD への接続方法

PowerShell を開いて、以下を実行します。

Connect-MsolService

これから実施する作業に必要な権限を持つアカウントでサインインします。

PowerShell に戻った後、こんな画面になります。ちゃんと繋がったか心配になりますが、失敗するとエラーになるので、こうなっていたら成功と思ってください。

参考
Microsoft PowerShell の Microsoft Azure Active Directory モジュールとの接続