メモ - scipy デンドログラムのインデックスを取得する

4811 ワード
Python scipy dendrogram Python テキストリンク

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scipy: v1.6.3

コード

scipy.cluster.hierarchy.leaves_list()を使う

以下をリンクより引用
https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.leaves_list.html

from scipy.cluster.hierarchy import ward, dendrogram, leaves_list
from scipy.spatial.distance import pdist
from matplotlib import pyplot as plt
X = [[0, 0], [0, 1], [1, 0],
     [0, 4], [0, 3], [1, 4],
     [4, 0], [3, 0], [4, 1],
     [4, 4], [3, 4], [4, 3]]
Z = ward(pdist(X))

leaves_list(Z)
>>> array([ 2,  0,  1,  5,  3,  4,  8,  6,  7, 11,  9, 10], 
    dtype=int32)

fig = plt.figure(figsize=(25, 10))
dn = dendrogram(Z)
plt.show()