「データサイエンスのための統計学入門 ―予測、分類、統計モデリング、統計的機械学習とRプログラミング」Peter Bruce、Andrew Bruce。dockerで機械学習(72) with R (2)

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R Docker 機械学習 統計 R テキストリンク

<この項は書きかけです。順次追記します。>

1.すぐに利用したい方へ(as soon as)

データサイエンスのための統計学入門 ―予測、分類、統計モデリング、統計的機械学習とRプログラミング Peter Bruce、Andrew Bruce　著

<この項は書きかけです。順次追記します。>

docker

dockerを導入し、Windows, Macではdockerを起動しておいてください。
Windowsでは、BiosでIntel Virtualizationをenableにしないとdockerが起動しない場合があります。
また、セキュリティの警告などが出ることがあります。

docker pull and run

$ docker pull kaizenjapan/r-sta

$ docker run -it kaizenjapan/r-sta /bin/bash

以下のshell sessionでは
(base) root@473fc1bb505d:/#は入力促進記号(comman prompt)です。実際には数字の部分が違うかもしれません。この行の#の右側を入力してください。
それ以外の行は出力です。出力にエラー、違いがあれば、コメント欄などでご連絡くださると幸いです。
それぞれの章のフォルダに移動します。

dockerの中と、dockerを起動したOSのシェルとが表示が似ている場合には、どちらで捜査しているか間違えることがあります。dockerの入力促進記号(comman prompt)に気をつけてください。

ファイル共有または複写

dockerとdockerを起動したOSでは、ファイル共有をするか、ファイル複写するかして、生成したファイルをブラウザ等表示させてください。参考文献欄にやり方のURLを記載しています。

複写の場合は、dockerを起動したOS側コマンドを実行しました。お使いのdockerの番号で置き換えてください。複写したファイルをブラウザで表示し内容確認しました。

第1章

(base) root@9239fd07cbe8:/# ls
ML_for_Hackers  dev   lib    mnt   root  srv                 tmp
bin     etc   lib64  opt   run   statistics-for-data-scientists  usr
boot        home  media  proc  sbin  sys                 var
(base) root@9239fd07cbe8:/# cd statistics-for-data-scientists/
(base) root@9239fd07cbe8:/statistics-for-data-scientists# ls
README.md  src
(base) root@9239fd07cbe8:/statistics-for-data-scientists# cd src
(base) root@9239fd07cbe8:/statistics-for-data-scientists/src# ls
chapter1.r  chapter3.r  chapter5.r  chapter7.r       prep_datasets.r
chapter2.r  chapter4.r  chapter6.r  download_data.r

01 ufo_sightings.R

(base) root@9239fd07cbe8:/statistics-for-data-scientists/src# r chapter1.r
Error in library(dplyr) : there is no package called ‘dplyr’

(base) root@9239fd07cbe8:/statistics-for-data-scientists/src# r --version
r ('littler') version 0.3.0

using GNU R Version 3.3.1 (2016-06-21)

Copyright (C) 2006 - 2016  Jeffrey Horner and Dirk Eddelbuettel

r is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License.  For more information about
these matters, see http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html.

2. dockerを自力で構築する方へ

ここから下は、上記のpullしていただいたdockerをどういう方針で、どういう手順で作ったかを記録します。
上記のdockerを利用する上での参考資料です。本の続きを実行する上では必要ありません。
自力でdocker/anacondaを構築する場合の手順になります。
dockerfileを作る方法ではありません。ごめんなさい。

docker

ubuntu, debianなどのLinuxを、linux, windows, mac osから共通に利用できる仕組み。
利用するOSの設定を変更せずに利用できるのがよい。
同じ仕様で、大量の人が利用することができる。
ソフトウェアの開発元が公式に対応しているものと、利用者が便利に仕立てたものの両方が利用可能である。今回は、公式に配布しているものを、自分で仕立てて、他の人にも利用できるようにする。

docker pull

docker公式配布の利用は、URLからpullすることで実現する。

apt-get

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get update

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get install -y procps

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get install -y vim

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get install -y apt-utils

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get install -y r-base

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get install -y r-cran-hmisc

git

(base) root@f19e2f06eabb:/# git clone https://github.com/andrewgbruce/statistics-for-data-scientists

wget

(base) root@9239fd07cbe8:/statistics-for-data-scientists/src/data# wget https://drive.google.com/drive/folders/0B98qpkK5EJemYnJ1ajA1ZVJwMzg
--2018-10-13 09:51:37--  https://drive.google.com/drive/folders/0B98qpkK5EJemYnJ1ajA1ZVJwMzg
Resolving drive.google.com (drive.google.com)... 172.217.26.110, 2404:6800:400a:80c::200e
Connecting to drive.google.com (drive.google.com)|172.217.26.110|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: unspecified [text/html]
Saving to: ‘0B98qpkK5EJemYnJ1ajA1ZVJwMzg’

0B98qpkK5EJemYnJ1aj     [  <=>               ] 171.76K   562KB/s    in 0.3s    

2018-10-13 09:51:38 (562 KB/s) - ‘0B98qpkK5EJemYnJ1ajA1ZVJwMzg’ saved [175879]

今出ているエラー

(base) root@9239fd07cbe8:/statistics-for-data-scientists/src# r chapter1.r
Error in library(dplyr) : there is no package called ‘dplyr’

dockerで機械学習(74) 環境構築(4) R いくつ難関？

3.docker hub 登録

ここからは、新たにソフトを導入したdockerを自分のhubに登録する方法です。
ご自身で何かソフトウェアを導入されたら、ぜひhubに登録することをお勧めします。
続きの作業を誰かに依頼したり、エラーがでてわからなくなったときに、対処方法を問い合わせるのにも役立ちます。

$ docker ps 
CONTAINER ID        IMAGE                   COMMAND                  CREATED             STATUS              PORTS                                            NAMES
b28c065c8b45        continuumio/anaconda3            "/usr/bin/tini -- /b…"   21 hours ago        Up 21 hours                                                                                  elegant_gates       

$ docker commit b28c065c8b45  kaizenjapan/r-sta


$ docker push kaizenjapan/r-sta

参考資料(reference)

Rのインストール
http://www.okadajp.org/RWiki/?R%20のインストール#td663091

dockerで機械学習(python:anaconda)「直感Deep Learning」Antonio Gulli、Sujit Pal　第1章,第2章
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/483ae708c71c88419c32

OpenCVをPythonで動かそうとしてlibGL.soが無いって言われたけど解決した。
https://qiita.com/toshitanian/items/5da24c0c0bd473d514c8

サーバサイドにおけるmatplotlibによる作図Tips
https://qiita.com/TomokIshii/items/3a26ee4453f535a69e9e

Dockerでホストとコンテナ間でのファイルコピー
https://qiita.com/gologo13/items/7e4e404af80377b48fd5

Docker for Mac でファイル共有を利用する
https://qiita.com/seijimomoto/items/1992d68de8baa7e29bb5

「名古屋のIoTは名古屋のOSで」Dockerをどっかーらどうやって使えばいいんでしょう。TOPPERS/FMP on RaspberryPi with Macintosh編 ５つの関門
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/9c46c6da8ceb64d2d7af

64bitCPUへの道 and/or 64歳の決意
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/cfb5ffa24ded23ab3f60

ゼロから作るDeepLearning２自然言語処理編　読書会の進め方（例）
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/025eb3f701b36209302e

＜この記事は個人の過去の経験に基づく個人の感想です。現在所属する組織、業務とは関係がありません。＞

文書履歴(document history)

ver. 0.10 初稿 20181014
ver. 0.11 番号変更、参考文献追記 20181029