dcmフォーマットファイルソフトの読み込みとpython処理の詳細


いくつかのDCM形式の溶接欠陥画像を処理するには,dcm形式の画像を読み取り,表示する必要があります。資料を集めて、医学の映像を集めて、pydicomモジュールで調べます。dcmフォーマットのファイルです。
dcm形式のファイルを確認するなら、Echo viewerで確認できます。
pycharmを使って処理すれば、下記のコードを選択できます。

# -*-coding:utf-8-*-
import cv2
import numpy
import dicom
from matplotlib import pyplot as plt

dcm = dicom.read_file("dcm")
dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleIntercept

slices = []
slices.append(dcm)
img = slices[int(len(slices) / 2)].image.copy()
ret, img = cv2.threshold(img, 90, 3071, cv2.THRESH_BINARY)
img = numpy.uint8(img)

im2, contours, _ = cv2.findContours(img, cv2.RETR_LIST, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
mask = numpy.zeros(img.shape, numpy.uint8)
for contour in contours:
  cv2.fillPoly(mask, [contour], 255)
img[(mask > 0)] = 255

kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE, (2, 2))
img = cv2.morphologyEx(img, cv2.MORPH_OPEN, kernel)

img2 = slices[int(len(slices) / 2)].image.copy()
img2[(img == 0)] = -2000

plt.figure(figsize=(12, 12))
plt.subplot(131)
plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image, 'gray')
plt.title('Original')
plt.subplot(132)
plt.imshow(img, 'gray')
plt.title('Mask')
plt.subplot(133)
plt.imshow(img2, 'gray')
plt.title('Result')
plt.show()
以下のコードも使えます。

import pydicom
import os
import numpy
from matplotlib import pyplot, cm
#  lstFilesDCM    DICOM files   
PathDicom = "dicom/2" # python            
lstFilesDCM = []
for dirName,subdirList,fileList in os.walk(PathDicom):
  for filename in fileList:
    if ".dcm" in filename.lower(): #       dicom  
      print(filename)
      lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName,filename)) #       
##            
RefDs = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])  #     dicom  
#       
ConstPixelDims = (int(RefDs.Rows),int(RefDs.Columns),len(lstFilesDCM)) #   spacing  (mm   )
ConstPixelSpacing = (float(RefDs.PixelSpacing[0]), float(RefDs.PixelSpacing[1]), float(RefDs.SliceThickness))
#     
x = numpy.arange(0.0, (ConstPixelDims[0]+1)*ConstPixelSpacing[0], ConstPixelSpacing[0]) # 0 (       *      ),   constpixelSpacing
y = numpy.arange(0.0, (ConstPixelDims[1]+1)*ConstPixelSpacing[1], ConstPixelSpacing[1]) #
z = numpy.arange(0.0, (ConstPixelDims[2]+1)*ConstPixelSpacing[2], ConstPixelSpacing[2]) #
ArrayDicom = numpy.zeros(ConstPixelDims, dtype=RefDs.pixel_array.dtype)
for filenameDCM in lstFilesDCM:
  ds = pydicom.read_file(filenameDCM)
  ArrayDicom[:, :, lstFilesDCM.index(filenameDCM)] = ds.pixel_array #      
  pyplot.figure(dpi=300)
  pyplot.axes().set_aspect('equal', 'datalim')
  pyplot.set_cmap(pyplot.gray())
  pyplot.pcolormesh(x, y, numpy.flipud(ArrayDicom[:, :, 2])) #                 
  pyplot.show()
この二つのコードは全部読み取り可能です。しかし、なぜ溶接検査中のdcm画像が読み取れないのか分かりません。
上記のdcmフォーマットファイルソフトの読み取りとpython処理の詳細は、小編集が皆さんに提供した内容の全てです。参考にしていただければ幸いです。よろしくお願いします。