Rstudio を使っていると Dropbox が常に同期状態となっていることがあります。 Rstudio 内のプロジェクトファイル監視機能と、 Git の一時ファイルが競合しているようです。そのため、 Dropbox の設定で、それらのフォルダを非同期に設定する必要があります。

Dropbox で対象ファイルの非同期設定を行う

現在のDropboxのUIの問題なのですが、
1. エクスプローラー（Mac：Finder）からフォルダを右クリックして同期マークを外す設定をする方法
2. Dropbox のWebアプリケーションから該当フォルダを指定して非同期設定にする方法。
3. Dropboxのデスクトップアプリケーションから非同期設定する方法
など、大きく3つ考えられると思うのですが、結論から申し上げると、可能な方法は3のみでした。

Dropbox フォルダを開く

常駐しているタスクバーのアプリケーションをクリックして、ユーザー名の隣にある、フォルダマークをクリックします。

.git と .Rproj.user を 非同期に設定

プロジェクトファイルに移動して、対象の「.git」と「.Rproj.user」を右クリック -> 「dropbox.com に同期しない」 を選択します。これで非同期にすることができました。

それほど難しい話ではないのですが、あまりまとまっている記事がなかったため、健忘録としてまとめてみました。参考になれば幸いです。