python版py3Dmolによる描画にはnodejsをinstall (jupyter-notebookにて)
要約
jupyter-notebookにてpy3Dmolによる描画が表示されないときはnodejsをinstallしましょう。
背景
py3Dmolは化学物質や蛋白質の三次元構造を描画するモジュールの1つです。PyPIに載っているリンクからプロジェクトページに移動すると3Dmol.jsとなります。ベースはjavascriptなんでしょうね。
方法
windows10ではコマンドプロンプトで以下のコマンドを実行。linux, macでも同様と思いますが試していません。jupyter-labには拡張が必要とのこと。
pip install nodejs
pip install py3Dmol
次に、python実行環境で以下を実行 (公式tutorialと同じです)。
import py3Dmol
view = py3Dmol.view(query='pdb:1ubq')
view.setStyle({'cartoon':{'color':'spectrum'}})
view
以上です。
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