要約

jupyter-notebookにてpy3Dmolによる描画が表示されないときはnodejsをinstallしましょう。

背景

py3Dmolは化学物質や蛋白質の三次元構造を描画するモジュールの1つです。PyPIに載っているリンクからプロジェクトページに移動すると3Dmol.jsとなります。ベースはjavascriptなんでしょうね。

方法

windows10ではコマンドプロンプトで以下のコマンドを実行。linux, macでも同様と思いますが試していません。jupyter-labには拡張が必要とのこと。
pip install nodejs
pip install py3Dmol
次に、python実行環境で以下を実行 (公式tutorialと同じです)。
import py3Dmol
view = py3Dmol.view(query='pdb:1ubq')
view.setStyle({'cartoon':{'color':'spectrum'}})
view
以上です。