<?php

$res = [
    ['name' => '田中',  '国語の点数' => 777],
    ['name' => '渡部',  '国語の点数' => 62],
    ['name' => '品川',  '国語の点数' => 23],
    ['name' => '品川',  '国語の点数' => 4343],
    ['name' => '滝谷',  '国語の点数' => 93],
    ['name' => '川原田','国語の点数' => 55],
    ['name' => '一色',  '国語の点数' => 27],
    ['name' => '一色',  '国語の点数' => 89],
    ['name' => '高橋',  '国語の点数' => 555],
    ['name' => '高橋',  '国語の点数' => 9999],
];


foreach ($res as $val) {
    $name = $val['name'];
    $abc = (int)$val['国語の点数'];
    if(empty($data[$name]['国語の点数'][$abc])){
        $data[$name]['国語の点数'][$abc] = $abc;
    }
}

var_dump($data);

array(7) {
  ["田中"]=>
  array(1) {
    ["国語の点数"]=>
    array(1) {
      [777]=>
      int(777)
    }
  }
  ["渡部"]=>
  array(1) {
    ["国語の点数"]=>
    array(1) {
      [62]=>
      int(62)
    }
  }
  ["品川"]=>
  array(1) {
    ["国語の点数"]=>
    array(2) {
      [23]=>
      int(23)
      [4343]=>
      int(4343)
    }
  }
  ["滝谷"]=>
  array(1) {
    ["国語の点数"]=>
    array(1) {
      [93]=>
      int(93)
    }
  }
  ["川原田"]=>
  array(1) {
    ["国語の点数"]=>
    array(1) {
      [55]=>
      int(55)
    }
  }
  ["一色"]=>
  array(1) {
    ["国語の点数"]=>
    array(2) {
      [27]=>
      int(27)
      [89]=>
      int(89)
    }
  }
  ["高橋"]=>
  array(1) {
    ["国語の点数"]=>
    array(2) {
      [555]=>
      int(555)
      [9999]=>
      int(9999)
    }
  }
}