[備忘録]Ubuntu 20.04 LTS環境構築

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概要

  • Proxy環境下（大学・研究機関）で、Ubuntu 20.04 LTSの環境構築をしたのでメモ

1. Proxy設定

  1. 「設定」の画面から、ネットワークのProxy設定に行く
  2. httpとhttpsにプロキシのアドレスとポートを入力する

2. ディレクトリ名を日本語→英語に変更

ディレクトリ名が日本語だと補完が効きにくく不便なので、英語名に変更した。
ダイアログが表示されるので、「Update Names」を選択する。
再起動すると「日本語に戻す？」的なダイアログが出るので、「Don't ask me this again」にチェックを入れつつ、「Keep Old Names」を選択。

ディレクトリ名を日本語→英語に変更
LANG=C xdg-user-dirs-gtk-update

3. aptのProxy設定

aptのProxy設定
vi /etc/apt/apt.conf

# viの画面
## ex) Proxy Address: xxx.xx.jp
## ex) Port No.: 8080
Acquire::http::Proxy "http://xxx.xx.jp:8080";
Acquire::https::Proxy "https://xxx.xx.jp:8080";

3.1 aptの更新

aptの更新
sudo apt update
sudo apt upgrade

4. ドットファイル類編集

.vimrc
set number
.bashrc
# ファイルの一番下に追加
alias "less=less -iNM"

5. Caps-LockをControlとして使う

gnome-tweaksのインストール
sudo apt install gnome-tweaks

gnome-tweaksを使ってGUI上から設定する

6. Dockerのinstall

# aptからのinstall（簡単）
sudo apt install docker.io

# こっちのほうが最新版が入る（かも）
curl https://get.docker.com | sh

sudo systemctl start docker
sudo systemctl enable docker
sudo usermod -aG docker $USER

7. nvidia-docker

cuda-driversパッケージをinstall
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/x86_64/cuda-ubuntu2004.pin
sudo mv cuda-ubuntu2004.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.2.1/local_installers/cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local_11.2.1-460.32.03-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local_11.2.1-460.32.03-1_amd64.deb
sudo apt-key add /var/cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local/7fa2af80.pub
sudo apt-get update
sudo apt-get --no-install-recommends install cuda-drivers
GPUの認識確認
nvidia-smi
NVIDIA Container Toolkit（nvidia-docker2）をinstall
distribution=$(. /etc/os-release;echo $ID$VERSION_ID)
curl -s -L https://nvidia.github.io/nvidia-docker/gpgkey | sudo apt-key add -
curl -s -L https://nvidia.github.io/nvidia-docker/$distribution/nvidia-docker.list | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/nvidia-docker.list
sudo apt-get update
sudo apt-get --no-install-recommends install nvidia-docker2
sudo systemctl restart docker

8. Nextflowのinstall

Nextflowのinstall
# Java Runtime Environment (JRE) install
sudo apt install default-jre

# Java Development Kit (JDK) install
sudo apt install default-dk

# javaのバージョン確認
java -version

# Nextflowのinstall
curl -s https://get.nextflow.io | bash
sudo mv nextflow /usr/local/bin/
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