RDKit|scikit-learnに基づいてpytorchをQSARモデル構築に使用

PyTorchを深度学習フレームワークに使用します.PyTorchは非常に柔軟であり,実装に多くの文章が用いられている.
scikit-learnのようにfitを呼び出してpytorchモデルを訓練し、skorchを使用すると訓練プロセスを簡単にすることができます.
skorch
skorch pytorchパッケージ互換scikit-learnに基づくニューラルネットワークライブラリ
 
skorchインストール

pip install skorch

 
QSARモデル構築
ライブラリのインポート

import os
from rdkit import Chem
from rdkit import RDPaths
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import DataStructs
import numpy as np

 

trainsdf = os.path.join(RDPaths.RDDocsDir, 'Book/data/solubility.train.sdf')
testsdf =  os.path.join(RDPaths.RDDocs