mudulesインストールの使用
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Centos 7
modules
公式サイトdocument tcl言語クイック入門tcl言語クイック入門2 modulesを使用して異なる環境を切り替えますが、これを構成するには言語tclを学ぶ必要があります!でも怖がらないで、tclはとても簡単で、他の言語を学んだことがある限り、1~2時間で完全にできます.実はそんなに勉強する必要はありません.基本的なtcl変数付与とmodulfileの説明ドキュメントを見てもいいです.
インストール
管理者に渡す構成
moduleコマンドの作成(modulecmdアプリケーションの実際の実行)sudo vim/etc/profileまたはvim~/.bashrc
modulefilesの作成
TOphatで試して、tophatのバイナリファイルをダウンロードして、解凍して直接使うことができます.tophat modulfile格納ディレクトリの作成
tophatバージョン情報vim 2.1.1の編集
vim 2.1.0
パラメータの説明:
modulefilesディレクトリにコピー
大成功!やってみよう!
バージョンの競合を心配する必要はありません.小結:/etc/profileでシステムのデフォルトバージョンをPATHに追加できます.ログインすれば使えます.切り替えたいならmodule!
システムのデフォルトバージョンではなく、ログインしたいバージョンはどうすればいいですか?
このように、あなたがログインしたときのtophatバージョンは2.1.1で、システムの2.1.0ではありません.
conda
検討する必要があります....minicodaをインストールすればいいです.minicodaはanacondaに対して他のパッケージをインストールしていません.これは良いです.後ろにパッケージが衝突しないように、python 2.7のminicondaを選択します.現在、多くのベースパッケージはpython 2.7です.python 3を使用する場合は、心配しないでください.python 2.7またはpython 3のcondaは2つのバージョンのpythonです.唯一の違いは、デフォルトのパラメータの使用です.詳細は公式サイトを参照してください.インストール
linkの使用
bioconda
研究を待つ....
公式サイト
virtualenv
この文章を読む
リファレンス
サーバ実行環境の構成Environment Moduleを使用して実行環境を設定する
心得
管理実験室のサーバーは1年以上ありますが、サーバーの構成は面倒なことです.やはり挑戦があります.実験室でよく使われる人材は6~7人で、一部の学部生のユーザーを10人以上、3台のサーバーに追加します.クラスタリングをしていないで、机械が多くなって更にクラスタリングをしたいと思って、歴史の原因のため、以前の2台の机はUbuntuのシステムを使って、私は最もシステムの安定を求めて、最新の机の上でインストールするCentos 7、一部のハードウェアのメーカーはUbuntuの新しいバージョンを支持していないかもしれません、私に対してまた科学研究をしてまたこれらを管理して、精力は本当にとても限られていて、だからCentos 7は私の选択です.また、使用する過程でも多くのソフトウェアが発見され、古いソフトウェアだけでなく、Centos 7にインストールされているのか、楽すぎているのか、Ubuntuではパッケージ依存の問題がよく発生し、私に多くの時間を費やし、私を疲れ果てて、重要なことをする時間がありません.振り回すのが好きな人はUbuntuを考えることができて、多くの新しいfeaturesがあると言います!
最大の問題はソフトウェアパッケージのバージョンの問題で、最初は私はすべて統一的にシステム環境の中にインストールして、このように1回インストールするだけで、すべてのユーザーはすべて使用することができて、このような考えから多くのユーザーは初心者で、ちょうど大量の時間を費やして生物情報学の文章を見て、実現したいと思って、ソフトウェアをインストールするのはとても大きい敷居で、統一的にソフトウェアをインストールするのは彼らに便利です.とても良いと思って、后ろの人は多くなって问题が大きくなって、异なる学友は异なる需要があって、samtoolsは0.19以前のがあって、1.3后のがあって、その上命令は互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに最后にこの问题で、本当にとても苦痛です!
実験室にも天河2号のアカウントがあり、天河2号はソフトウェアバージョンの管理にmoduleを使用しているので、彼らを参考にして私も自分のサーバーにこのオープンソースの管理ソフトウェアをインストールします!
modules
公式サイトdocument tcl言語クイック入門tcl言語クイック入門2 modulesを使用して異なる環境を切り替えますが、これを構成するには言語tclを学ぶ必要があります!でも怖がらないで、tclはとても簡単で、他の言語を学んだことがある限り、1~2時間で完全にできます.実はそんなに勉強する必要はありません.基本的なtcl変数付与とmodulfileの説明ドキュメントを見てもいいです.
インストール
#centos
sudo yum install -y environment-modules
#ubuntu
sudo apt-get install environment-modules
管理者に渡す構成
moduleコマンドの作成(modulecmdアプリケーションの実際の実行)sudo vim/etc/profileまたはvim~/.bashrc
module ()
{
eval `/usr/bin/modulecmd bash $*`
}
# ， modulefiles
export MODULEPATH=$MODULEPATH:/public0/software/modulefiles
modulefilesの作成
TOphatで試して、tophatのバイナリファイルをダウンロードして、解凍して直接使うことができます.tophat modulfile格納ディレクトリの作成
mkdir -p tophat
cd tophat
tophatバージョン情報vim 2.1.1の編集
#%Module1.0
proc ModulesHelp { } {
global dotversion
puts stderr "\ttophat 2.1.1"
}
module-whatis "tophat 2.1.1"
set version 2.1.1
conflict tophat
prepend-path PATH /public0/software/exe/tophat-2.1.1.Linux_x86_64
vim 2.1.0
#%Module1.0
proc ModulesHelp { } {
global dotversion
puts stderr "\ttophat 2.1.0"
}
module-whatis "tophat 2.1.0"
set version 2.1.0
conflict tophat
prepend-path PATH /public0/software/exe/tophat-2.1.0.Linux_x86_64
パラメータの説明:
#%Module1.0 #
proc ModulesHelp { } { #
global dotversion
puts stderr "\ttophat 2.1.0" #puts print
}
module-whatis "tophat 2.1.0" #
set version 2.1.0 #set ， 2.1.0 version
conflict tophat #
prepend-path PATH /public0/software/exe/tophat-2.1.0.Linux_x86_64
# prepend-path PATH ， /public0/software/exe/tophat-2.1.0.Linux_x86_64 PATH， 。
# ， LD_LIBRARY_PATH
modulefilesディレクトリにコピー
cd ..
sudo cp -r tophat/ /etc/modulefiles/
#
cp -r tophat/ /public0/software/modulefiles/
# 777， ， tophat
chmod 777 /public0/software/modulefiles/tophat/
大成功!やってみよう!
#
module avail
module load tophat/2.1.1
tophat --version
# ：TopHat v2.1.1
module unload tophat/2.1.1
module load tophat/2.1.0
tophat --version
# ：TopHat v2.1.0
バージョンの競合を心配する必要はありません.小結:/etc/profileでシステムのデフォルトバージョンをPATHに追加できます.ログインすれば使えます.切り替えたいならmodule!
システムのデフォルトバージョンではなく、ログインしたいバージョンはどうすればいいですか?
vim ~/.bashrc #for bash shell vim ~/.zshrc #for zsh shell module load tophat/2.1.1
このように、あなたがログインしたときのtophatバージョンは2.1.1で、システムの2.1.0ではありません.
conda
検討する必要があります....minicodaをインストールすればいいです.minicodaはanacondaに対して他のパッケージをインストールしていません.これは良いです.後ろにパッケージが衝突しないように、python 2.7のminicondaを選択します.現在、多くのベースパッケージはpython 2.7です.python 3を使用する場合は、心配しないでください.python 2.7またはpython 3のcondaは2つのバージョンのpythonです.唯一の違いは、デフォルトのパラメータの使用です.詳細は公式サイトを参照してください.インストール
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh # ， home
linkの使用
bioconda
研究を待つ....
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
公式サイト
virtualenv
この文章を読む
リファレンス
サーバ実行環境の構成Environment Moduleを使用して実行環境を設定する
心得
管理実験室のサーバーは1年以上ありますが、サーバーの構成は面倒なことです.やはり挑戦があります.実験室でよく使われる人材は6~7人で、一部の学部生のユーザーを10人以上、3台のサーバーに追加します.クラスタリングをしていないで、机械が多くなって更にクラスタリングをしたいと思って、歴史の原因のため、以前の2台の机はUbuntuのシステムを使って、私は最もシステムの安定を求めて、最新の机の上でインストールするCentos 7、一部のハードウェアのメーカーはUbuntuの新しいバージョンを支持していないかもしれません、私に対してまた科学研究をしてまたこれらを管理して、精力は本当にとても限られていて、だからCentos 7は私の选択です.また、使用する過程でも多くのソフトウェアが発見され、古いソフトウェアだけでなく、Centos 7にインストールされているのか、楽すぎているのか、Ubuntuではパッケージ依存の問題がよく発生し、私に多くの時間を費やし、私を疲れ果てて、重要なことをする時間がありません.振り回すのが好きな人はUbuntuを考えることができて、多くの新しいfeaturesがあると言います!
最大の問題はソフトウェアパッケージのバージョンの問題で、最初は私はすべて統一的にシステム環境の中にインストールして、このように1回インストールするだけで、すべてのユーザーはすべて使用することができて、このような考えから多くのユーザーは初心者で、ちょうど大量の時間を費やして生物情報学の文章を見て、実現したいと思って、ソフトウェアをインストールするのはとても大きい敷居で、統一的にソフトウェアをインストールするのは彼らに便利です.とても良いと思って、后ろの人は多くなって问题が大きくなって、异なる学友は异なる需要があって、samtoolsは0.19以前のがあって、1.3后のがあって、その上命令は互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに互いに最后にこの问题で、本当にとても苦痛です!
実験室にも天河2号のアカウントがあり、天河2号はソフトウェアバージョンの管理にmoduleを使用しているので、彼らを参考にして私も自分のサーバーにこのオープンソースの管理ソフトウェアをインストールします!