Biopython(一)インストールと紹介

友人のアンリに生物情報学を扱うためのツールボックス「Biopython」があり、pythonが開発した小さなツールをそのまま持ってきて使うのも手間が省けます.よし、学生レターは「バッグマン」から始めましょう.
ちょうど「需要」:biopythonのbcbio-gffでgbffファイルのgff転送を実現するため、この小さな機能を持ってbiopythonを試してみましょう.メソッドリファレンス:https://www.jianshu.com/p/152efcfabf0f?from=singlemessage
では、まずはbiopythonのインストールから始めましょう
公式サイト:https://biopython.org/
Tutorial:http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec5
GitHub:https://github.com/biopython/biopython
中国語説明書:https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/cn/chr01.html
最も簡単なインストール方法はpipです.

pip install biopython

バージョンを更新する必要がある場合:

pip install biopython --upgrade

新しいバージョンをインストールする前に、古いバージョンをアンインストールするかbiopythonをアンインストールします.

pip uninstall biopython

Biopythonの異なるバージョンは異なるpythonバージョン、Biopython 1.68 was our final release to support Python 2.6、while Biopython 1.76 was our final release to support Python 2.7 and Python 3.5に適用されます.Biopythonの以前のバージョンはpypiにあるか、公式サイトにあるので、特定のpythonバージョンにbiopythonをインストールするには:

python3.6 -m pip install biopython

pypy -m pip install biopython

##   python3      conda   ，     python3     ，  python   3.7.8

conda activate python3

python -m pip install biopython

##    pip install biopython，     python3    site-packages ##

一般的には付属のREADMEファイルに従ってソースからインストールを行い、インストールに問題がないことを確認する必要があります.実際にbuildやtestをスキップして直接インストールすることもできます.

python setup.py build 

python setup.py test 

sudo python setup.py install

biopythonバージョンを表示し、python 3に入ります.

>>> import Bio

>>> print(Bio.__version__)

...

ここではbiopythonのツールSeqIO(シーケンスの入出力)を使う必要があります.
bcbio-gffをインストールします.

pip install bcbio-gff

次に呼び出しツールpythonスクリプトgbff 2 gff.pyを書き、Parsing GFFFiles・Biopythonを参照します.

#!/usr/bin/env python3

# -*- coding: utf-8 -*-

from BCBio import GFF

from Bio import SeqIO

import sys

inputfile, outfile = sys.argv[1:3]

in_file = inputfile

out_file = outfile

in_handle = open(in_file)

out_handle = open(out_file, "w")

GFF.write(SeqIO.parse(in_handle, "genbank"), out_handle)

in_handle.close()

out_handle.close()

たとえば、次のように実行します.

python gbff2gff.py GCA_008086715.1_ASM808671v1_genomic.gbff GCA_008086715.1_ASM808671v1_genomic.gff

ちょっとした練習を終えた.
引用原文リンク:https://www.jianshu.com/p/152efcfabf0f?from=singlemessage
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