Linux学習ノート-anaconda学習ノート-anaconda清華鏡像源の設定

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Linux学習ノート

この文書では、Anacondaを参照して、channelの表示、削除、追加、Anacondaのソースの検索、清華鏡像の構成に関するいくつかの記事を参照して、AnacondaでのChannelの設定などの方法を学習します.前にソフトウェアをインストールする時みんなができるだけAnacondaを使ってインストールすると言っているのを見て、このようにソフトウェア依存のパッケージと一緒にインストールすることができて、私自身はSRA ToolkitsとAnacondaの2つのソフトウェアをインストールして、すべてFirefoxのウェブサイトからダウンロードした後にbashコマンドを使ってインストールして、もう1つのFastQCはUbuntuシステムが持っているので、apt-get install fastqcコマンドを使ってインストールしました、そのため、皆さんが言っている依存パッケージがまだ分かりません.今日はRNA-seqを学ぶときに他のソフトウェアを使う必要があるので、まず振り返ってAnacondaがどのように使うかを見てみましょう.補足参考文章:condaのインストールと使用(2019-6-28更新)RNA-seq(1):condaでRNA-seqをインストールするために必要なツールRNA-seq基礎入門転送ゲート清華鏡像ソース公式サイト:Anaconda鏡像使用ヘルプソフトウェア紹介Conda is a tool for managing and deploying applications,environments and packages.コマンドの使い方

usage: conda [-h] [-V] command ...
  ： conda --help

自分のAnacondaの設定を表示

(base) zexing@DNA:~$ conda info

     active environment : base
    active env location : /f/xudonglab/zexing/miniconda3
            shell level : 1
       user config file : /f/xudonglab/zexing/.condarc
 populated config files :
          conda version : 4.8.2
    conda-build version : not installed
         python version : 3.7.6.final.0
       virtual packages : __glibc=2.23
       base environment : /f/xudonglab/zexing/miniconda3  (writable)
           channel URLs : https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : /f/xudonglab/zexing/miniconda3/pkgs
                          /f/xudonglab/zexing/.conda/pkgs
       envs directories : /f/xudonglab/zexing/miniconda3/envs
                          /f/xudonglab/zexing/.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/4.8.2 requests/2.22.0 CPython/3.7.6 Linux/4.4.0-161-generic ubuntu/16.04.6 glibc/2.23
                UID:GID : 1035:1037
             netrc file : None
           offline mode : False

以上の表示により、default_channelsは以下の通りです.https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64 https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64 https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch ネット上でこれらのウェブサイトが国外だと言って、ダウンロードのスピードは影響を受けて、その上いくつかのソフトウェアはないかもしれませんか?これはまだ体験したことがありません.他の人を見て、国内のミラーソースのダウンロードが速いと言って、清華のミラーを設置することを学んで、操作は以下の通りです:

(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/
#               ，  channel       ，        。

以上のように実行した後、ソフトウェアを探してみて、関連情報をたくさん表示して、多くのダウンロードソースを提供しているのではないでしょうか.試してみるだけで後続のインストールはありません.

anaconda search -t conda tensorflow
#    ，  。。。。。

Anacondaの設定を再表示するには、次の手順に従います.

(base) zexing@DNA:~$ conda info

     active environment : base
    active env location : /f/xudonglab/zexing/miniconda3
            shell level : 1
       user config file : /f/xudonglab/zexing/.condarc
 populated config files : /f/xudonglab/zexing/.condarc
          conda version : 4.8.2
    conda-build version : not installed
         python version : 3.7.6.final.0
       virtual packages : __glibc=2.23
       base environment : /f/xudonglab/zexing/miniconda3  (writable)
           channel URLs : https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : /f/xudonglab/zexing/miniconda3/pkgs
                          /f/xudonglab/zexing/.conda/pkgs
       envs directories : /f/xudonglab/zexing/miniconda3/envs
                          /f/xudonglab/zexing/.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/4.8.2 requests/2.22.0 CPython/3.7.6 Linux/4.4.0-161-generic ubuntu/16.04.6 glibc/2.23
                UID:GID : 1035:1037
             netrc file : None
           offline mode : False

表示されているチャンネルが増えているので、成功したはずです.別の記事では、channelを表示する方法を提供します.現在のユーザーのホームディレクトリの下に行って、.condarcファイルを表示します.

show_channel_urls: true
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults

注意:構成が完了したら、コンソールを閉じてからコンソールを再開します.これにより、新しい構成のファイルがロードされます.conda config--get channelsコマンドを使用して表示

xiaomotong@VirtualBox:~/  $ conda config --get channels
--add channels 'defaults'   # lowest priority
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/'   # highest priority

ミラーソースの削除

conda config –remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
#    ，    。

デフォルトのミラーを復元

conda config --remove-key channels 
#        ， Anaconda

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