alpha rarefaction using qiime

shannon菌群多様性指数
H=－∑(Pi)(㏑Pi)
Pi=試料中のi種目に属する個体の割合は、試料総個体数がN、i種目個体数がniの場合、Pi=ni/Nである.
各種間では,個体分配が均一であればあるほどH値が大きくなる.個体ごとに異なる種に属すると、多様性指数が最大になります.個体ごとに同じ種類に属すると,その多様性指数は最小となる.
 
Dominance:すぐに2つのシーケンスを取り、同じサンプルからの確率Σ (Si(Si-1))/N(N-1);
 
Simpson菌群多様性指数
         ランダムサンプリングの2つの個体が異なる種に属する確率=1−ランダムサンプリングの2つの個体が同じ種に属する確率;均一になるほど値が大きくなります
 
PD_whole_tree:スペクトル多様性:
スペクトル系alpha多様性(phylogenetic diversity,Faith 1992):進化の歴史の保存を検討し,種群,群落,生物地理学,保護生物学に応用した.
スペクトル系beta多様性(phylobetadiversity,Webb 2002):群落または確実なスペクトル系距離とその成因を検討する.
スペクトル信号とスペクトル構造(phylogenetic signal and phylogenetic structure):群落と地域種の共存機構を検討する.
スペクトル系多様性(phylogenetic diversity PD)は,ある地点のすべての種間で最も短い進化分岐長の和が各ノード分岐長の総合的な割合を占める(Faith,1992)
群落系距離(phylogenetic distance):群落Iと群落IIにおける2つの間のスペクトル系分岐長の和の平均値(Webb,2002)
 
chao 1菌種豊富度指数
Schao 1=Sobs+n 1(n 1-1)/2(n 2+1)であり、ここでSchao 1は推定されたOUT数、Sobsは観測されたOTU数、n 1は1日のみのOUT数、n 2は2日のみのOUT数である.
 
observed_species Otuの個数
 
goods_coverage  シーケンシング深さ指数
シーケンシング深さ:C=1-n 1/N,n 1は1つのシーケンスのみを含むOTU数,Nはサンプリングに現れる全シーケンス数である.
 
Qiime計算の使用
16 s進化ツリーの構築:
align_seq.py: http://qiime.org/scripts/align_seqs.html
align_seqs.py -i $PWD/unaligned.fna -t $PWD/core_setaligned.fasta.imputed -o $PWD/pynast_aligned_defaults/
 
filter_alignment.py: http://qiime.org/scripts/filter_alignment.html

filter_alignment.py -i seqs_rep_set_aligned.fasta -m lanemask_in_1s_and_0s -o filtered_alignment/

make_phylogeny.py: http://qiime.org/scripts/make_phylogeny.html

make_phylogeny.py -i $PWD/aligned.fasta -o $PWD/rep_phylo.tre

 
Alpha希釈曲線を計算するには:
 
alpha_rarefaction.py
http://qiime.org/scripts/alpha_rarefaction.html

alpha_rarefaction.py -i otu_table.biom -o arare_max100/ -t rep_set.tre -m Fasting_Map.txt -e 100

 
-eは深さを指し、beta多様性における-eパラメータと同じである.
--metrics shannon,PD_whole_tree,chao1,observed_species,goods_coverage,simpson
計算するタイプの指定
 
 
 
参照:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uw6s.html