【生信】QIIMEを使って進化樹、Alpha、Betaの多様性分析を行う

QIIMEを用いて進化樹,Alpha,Betaの多様性分析を行った.
前回はUsearchを使って進化樹、Alpha、ベータの多様性を分析した.同時に、QIIMEの偉大さは全プロセス分析の能力にあると改めて強調します.したがって、QIIMEを用いて上述の分析プロセスも同様に行うことができる.そこで、QIIMEを進化樹、Alpha、Betaの多様性分析の脚本を次のように貼り付け、科学研究を開放する気持ちを持って、必要な友達の参考にしてください.また、注意が必要なのは、一人一人の使用環境が違っていて、部分的に正常に運行できないかもしれないので、初心者にとってはそんなに友好的ではないかもしれません.

#!/bin/bash
##   QIIME      ，Alpha,Beta      

##   
HOME=`pwd`                ###     
temp=${HOME}/temp2              ###         
res=${HOME}/res2                ###         
data=${HOME}/seq                ###         
refdb=${HOME}/database          ###        
err=${HOME}/err2                ###     
log=${HOME}/log2                ###     

printf "   OTU :%s\t   OTU  :%s
"${res}/otu_table_tax.txt ${res}/rep_seqs.fasta
echo "     "
# clustalo     ，       Clustal Omega
clustalo -i ${res}/rep_seqs.fasta -o ${temp}/rep_seqs_align.fa --seqtype=DNA --full --force --threads=30

echo "             "
filter_alignment.py -i ${temp}/rep_seqs_align.fa -o ${temp}/  # rep_seqs_align_pfiltered.fa, only very short conserved region saved

echo "  fasttree  "
make_phylogeny.py -i ${temp}/rep_seqs_align_pfiltered.fasta -o ${res}/rep_seqs.tree # generate tree by FastTree

echo "Alpha   "
echo "           "
biom summarize-table -i ${res}/otu_table3.biom

echo "             "
single_rarefaction.py -i ${res}/otu_table3.biom -o ${temp}/otu_table_rare.biom -d 2797

echo "       Alpha     "
alpha_diversity.py -i ${temp}/otu_table_rare.biom -o ${res}/alpha.txt -t ${res}/rep_seqs.tree -m shannon,chao1,observed_otus,PD_whole_tree

echo "Beta   "
echo "CSS   OTU "
normalize_table.py -i ${res}/otu_table3.biom -o ${temp}/otu_table_css.biom -a CSS

echo "     OTU    ，      "
biom convert -i ${temp}/otu_table_css.biom -o ${res}/otu_table_css.txt --table-type="OTU table" --to-tsv

echo "        ，  R  "
sed -i '/# Const/d;s/#OTU //g;s/ID.//g' ${res}/otu_table_css.txt

echo "  Beta   "
beta_diversity.py -i ${temp}/otu_table_css.biom -o ${res}/beta/ -t ${res}/rep_seqs.tree -m weighted_unifrac,unweighted_unifrac

echo "Beta         ，  R  "
sed -i 's/^\t//g' ${res}/beta/*

echo "      ，          "
cd ${HOME}
echo "           "
echo "    、 、 、 、           ，     L2-L6"
summarize_taxa.py -i ${res}/otu_table3.biom -o ${res}/sum_taxa # summary each level percentage
echo "        ，  R       "
sed -i '/# Const/d;s/#OTU ID.//g' ${res}/sum_taxa/* # format for R read
#echo "        "
#less -S ${res}/sum_taxa/otu_table3_L2.txt

echo "         "
echo "  OTU      0.1% OTU"
filter_otus_from_otu_table.py --min_count_fraction 0.001 -i ${res}/otu_table3.biom -o ${temp}/otu_table_k1.biom

echo "     fasta  "
filter_fasta.py -f ${res}/rep_seqs.fasta -o ${temp}/tax_rep_seqs.fa -b ${temp}/otu_table_k1.biom 

echo "      ，104 ，  100         B ，            "
grep -c '>' ${temp}/tax_rep_seqs.fa # 104

echo "     "
clustalo -i ${temp}/tax_rep_seqs.fa -o ${temp}/tax_rep_seqs_clus.fa --seqtype=DNA --full --force --threads=30

echo "  "
make_phylogeny.py -i ${temp}/tax_rep_seqs_clus.fa -o ${temp}/tax_rep_seqs.tree

echo "     R ggtree    "
sed "s/'//g" ${temp}/tax_rep_seqs.tree > ${res}/tax_rep_seqs.tree # remove '

echo "    ID"
grep '>' ${temp}/tax_rep_seqs_clus.fa|sed 's/>//g' > ${temp}/tax_rep_seqs_clus.id

echo "           ，              "
awk 'BEGIN{OFS="\t";FS="\t"} NR==FNR {a[$1]=$0} NR>FNR {print a[$1]}' ${res}/rep_seqs_tax_assignments.txt ${temp}/tax_rep_seqs_clus.id|sed 's/; /\t/g'|cut -f 1-5 |sed 's/p__//g;s/c__//g;s/o__//g' > ${res}/tax_rep_seqs.tax

echo "     "
#echo " mappingfile   R       "
#sed 's/#//' mappingfile.txt > ${res}/design.txt

echo "    otu_table   R  "
sed '/# Const/d;s/#OTU //g;s/ID.//g' ${res}/otu_table3.txt > ${res}/otu_table.txt

echo "              ，  R  "
sed 's/;/\t/g;s/ //g' ${res}/rep_seqs_tax_assignments.txt > ${res}/rep_seqs_tax.txt

 

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