JS文字列はカンマとエコーで区切られています.

function foo(str){
    var temp = str.split(/[
,]/g);
        for(var i =0;iif(temp[i] == ""){
            temp.splice(i, 1);
            //             
            i--;
        }
    }
    console.log(temp);
}

foo("123,
aa,,,,,




1");

["123", "aa", "1"]