Linuxはファイルを検索し、sed正則を使って内容を置換します。

module.exports = {
  serve: 'https://demo.def.com:5004',
  keys: ['some secret hurr'],
  session: {
    key: 'koa:sess'
  }
}

#       
serve='http://test.domain.com:8888'
#         
find ./ -name *.js|xargs sed -i "s#serve[^,]*#serve: \'$serve\'#g"