phpは再帰的にディレクトリとサブディレクトリをコピーする方法です。

<?php 
function recurse_copy($src,$dst){ 
  $dir = opendir($src); 
  @mkdir($dst); 
  while(false !== ( $file = readdir($dir)) ) { 
    if (( $file != '.' ) && ( $file != '..' )) { 
      if ( is_dir($src . '/' . $file) ) { 
        recurse_copy($src.'/'.$file,$dst.'/'.$file); 
      } 
      else { 
        copy($src.'/'.$file,$dst.'/'.$file); 
      } 
    } 
  } 
  closedir($dir); 
} 
?>