状況

後から新たに作成したFirst.storyboardから起動したい(Main.storyboardではなく)

ググってみると
Storyboardを複数作成した場合の起動画面(Storyboard)の選択方法はこんな感じ
・起動するStoryboardをxcodeprojで選択しましょう
・is Initial ViewControllerを選択しましょう
->全部やってます、、、、でもMainで起動される

・Main.storyboard消してみる(referenceのみ)

*** Terminating app due to uncaught exception 'NSInvalidArgumentException', reason: 'Could not find a storyboard named 'Main' in bundle NSBundle </Users/hoge/data/Containers/Bundle/Application/hoge/hoge.app> (loaded)'
*** First throw call stack:

Main.storyboardがないよー　と言われる始末、、、、

対策

いったいどこでMain.storyboardを参照してやがるんだとMainでプロジェクト全体に検索をかけたところ
(ApplicationScene Manifest->Scene Configuration->Application Session Role->Item 0 ...->Storyboard Name)
↓ここでした

なぜここを変えないとできないのかはよく分かりませんが
いくら調べても出てこなかったので備忘録として。

参考

・アプリ起動時に呼び出すStoryboardを指定したい | moxt
・[iOS] 複数のStoryboardを使って画面遷移を作成する ｜ DevelopersIO
・perhaps the designated entry point is not set?　が表示された時の対処方法 - Qiita
・iOSのスプラッシュ画面実装における注意点と実装方法 - Qiita

・[iOS] 複数のStoryboardを使って画面遷移を作成する ｜ DevelopersIO
->単純にStoryboardの分割の意図についてためになる記事でした(5年以上前の記事だけど)