WindowsにCygwin環境を再構築することにしたのでついでに手順をメモ。

• Python 3.6
• Fortran90
• C/C++

を使って科学技術的な計算をする人向け。

まず、
Cygwin上でmatplotlibは諦めよう
頑張ればできるのかもしれない。しかしその時間を開発にあてれば生産性は何倍にもなるだろう。
すこしのがまんで十分な環境が手に入る。

Anaconda導入

なにも考えることはない。
Python 3.6 Version 64bit-installer(32bitなら32bit)をダウンロードしてインストール。
https://www.continuum.io/Downloads
2019/03/22追記
Anacondaのドメインが変わっているのでこちらへ。
https://www.anaconda.com/distribution/

Cygwin導入

とりあえず公式からsetup-x86_64.exe(32bitの場合はsetup-x86.exe)をダウンロード。そのまま実行して、パッケージ選択まで次へを連打。

今回入れるのは

C/C++

• gcc-core
• gcc-g++

Fortran

• gcc-fortran

Python

Anacondaに任せた。

共通

• make
• git
• wget

これらを選んだら次へ。依存関係に必要なパッケージを自動で出してくれるのでそのまま次へ進んでインストール。

apt-cyg導入

本題とはズレるが今後のパッケージ管理のためにapt-cygを導入しておく。
これに関してはこちらを参照させていただきました。
http://qiita.com/hkuno/items/df06db4bb406a17d2494

matplotlib導入

cygwinで苦労するのがmatplotlibの導入。冒頭に書いたとおり、諦める。
が、Anaconda側のPythonのパスが通っていれば、CygwinでiPythonを呼ぶとAnacondaのものが呼ばれる。このiPython上でならscipyもmatplotlibも問題なく動作する。なお、この場合はPython環境はAnacondaのものになるのでPythonのパッケージのインストールなどはcondaで行う。
(これならばX windowsも動かさなくていいのでわりと労力はトントンじゃないだろうか。)

2017/10/02 追記
cygwinにAnacondaのパスを通す。cygwinのユーザディレクトリにある.bashrcに以下を追加する。

PATH=/cygdrive/c/Anaconda3:/cygdrive/c/Anaconda3/Scripts:/cygdrive/c/Anaconda3/Library/bin:$PATH
export PATH

.bashrcは一度でもmintty(cygwinでよく使われるターミナル)を起動すれば自動でされている。Windows側でAnacondaのインストール場所を変更している場合は適宜PATHを変更すること。
これでcygwin上でipythonを経由せずにanacondaのpythonを叩ける。

まとめ

MacかLinuxを用意しよう。