ベータ分布でベイズ推定

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beta scipy scipy テキストリンク

映画の評点などのレビュー数が少ない場合のベイズ推定です。

ここでは0-5点になるものとします。
ライブラリはscipyとpymc(v4)を使います。

レビューの点数の期待値は4.00、分散は0.5とします。
[0,1]区間に正規化した (レビュー点数 - 0)/(5 - 0)がベータ分布に従うとします。
パラメータの分布(事前分布)はalpha,beta共に正規分布とします。
まず、レビューの期待値からベータ分布のパラメータを推定して、事前分布に期待値4.00と分散1.5の情報を折り込みます。

import numpy as np
from scipy import stats, optimize

def beta_E(a, b, alpha, beta):
  return a + (b -a) * alpha / (alpha + beta) 

def beta_V(a, b, alpha, beta):
  return (b - a) * (b - a) * alpha * beta / ((alpha + beta) * (alpha + beta) * (alpha + beta + 1))

a = -0.1
b = 5.1
E = 4.00
V = 0.5

sol = optimize.root(fun, x0=[E, V])
x = sol.x
alpha_0 = x[0]
beta_0 = x[1]
print('alpha_0: {}'.format(alpha_0))
print('beta_0: {}'.format(beta_0))
print('E_0: {}'.format(beta_E(a, b, alpha_0, beta_0)))
print('V_0: {}'.format(beta_V(a, b, alpha_0, beta_0)))

結果

alpha_0: 1.582179487161132
beta_0: 0.42448717948189413
E_0: 4.000000000000737
V_0: 0.500000000011058

期待値、分散が一致しています。

ベイズ推定してみましょう

観測値が1個で平均の4.0の場合

observed_X = [4.0]
observed_Y = [(x - a)/(b - a) for x in observed_X]

with pm.Model() as model:
  alpha = pm.Normal('alpha', mu = alpha_0, sigma = 5 * abs(alpha_0))
  beta = pm.Normal('beta', mu = beta_0, sigma = 5 * abs(beta_0))
  Y = pm.Beta('Y', alpha=alpha, beta=beta, observed=observed_Y)
with model:
  start = {'alpha':  alpha_0, 'beta': beta_0}
  step = pm.Metropolis()
  trace = pm.sample(draws=10000, tune=5000, initvals=start, step=step, chains=4)
  alpha = pm.summary(trace).to_dict()['mean']['alpha']
  beta = pm.summary(trace).to_dict()['mean']['beta']
  print('alpha: {}'.format(alpha))
  print('beta: {}'.format(beta))
  print('E: {}'.format(beta_E(a, b, alpha, beta)))
  print('V: {}'.format(beta_V(a, b, alpha, beta)))

結果

alpha: 7.827
beta: 2.156
E: 3.9769708504457566
V: 0.41687672830133243

平均は3.97で4.00に近い

observed_X = [3.0, 3.0, 3.0] の場合、

alpha: 20.771
beta: 13.522
E: 3.0495990435365816
V: 0.18298078631297066

平均は3.04まで下がっている

observed_X = [4.0, 4.0 ,4.0]の場合、

alpha: 39.544
beta: 10.711
E: 3.9917082877325636
V: 0.08847539526504697

平均は3.99で4.00とほぼ一致で問題なし

observed_X = [2.0] の場合、

alpha: 9.191
beta: 11.187
E: 2.2453332024732555
V: 0.3131791946036

平均は2.24で2.0に近づいている

グラフ付きの実際に動くコード

import matplotlib.pyplot as plt
import math
import numpy as np
from scipy import stats, optimize
import pymc as pm

def beta_E(a, b, alpha, beta):
  return a + (b -a) * alpha / (alpha + beta) 

def beta_V(a, b, alpha, beta):
  return (b - a) * (b - a) * alpha * beta / ((alpha + beta) * (alpha + beta) * (alpha + beta + 1))

a = -0.1
b = 5.1
E = 4.00
V = 0.5

def fun(x):
  return [beta_E(a, b, x[0], x[1]) - E, beta_V(a, b, x[0], x[1]) - V]

def main():

  fig = plt.figure()
  axes= fig.subplots(2)

  sol = optimize.root(fun, x0=[E, V])
  x = sol.x
  alpha_0 = x[0]
  beta_0 = x[1]
  print('alpha_0: {}'.format(alpha_0))
  print('beta_0: {}'.format(beta_0))
  print('E_0: {}'.format(beta_E(a, b, alpha_0, beta_0)))
  print('V_0: {}'.format(beta_V(a, b, alpha_0, beta_0)))

  y = np.linspace(-0.1, 5.1, 200)
  y0_pdf = stats.beta.pdf((y - a) / (b - a), alpha_0, beta_0)
  axes[0].set_title("Distribution")
  axes[0].plot(y, y0_pdf)

  observed_X = [2.0] #試したい観測値に変える
  observed_Y = [(x - a)/(b - a) for x in observed_X]

  with pm.Model() as model:
    alpha = pm.Normal('alpha', mu = alpha_0, sigma = 5 * abs(alpha_0))
    beta = pm.Normal('beta', mu = beta_0, sigma = 5 * abs(beta_0))
    Y = pm.Beta('Y', alpha=alpha, beta=beta, observed=observed_Y)
  with model:
    start = {'alpha':  alpha_0, 'beta': beta_0}
    step = pm.Metropolis()
    trace = pm.sample(draws=10000, tune=5000, initvals=start, step=step, chains=4)
    alpha = pm.summary(trace).to_dict()['mean']['alpha']
    beta = pm.summary(trace).to_dict()['mean']['beta']
    print('alpha: {}'.format(alpha))
    print('beta: {}'.format(beta))
    print('E: {}'.format(beta_E(a, b, alpha, beta)))
    print('V: {}'.format(beta_V(a, b, alpha, beta)))
    y_pdf = stats.beta.pdf((y - a) / (b - a), alpha, beta)
    axes[1].set_title("After Distribution")
    axes[1].plot(y, y_pdf)
    fig.savefig("bayes.png")

if __name__ == '__main__':
  main()

グラフ

observed_X = [2.0]

そこそこいい感じ?