ヒベルナsqlはhbm.xmlに入れます。

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE hibernate-mapping PUBLIC
"-//Hibernate/Hibernate Mapping DTD 3.0//EN"
"http://hibernate.sourceforge.net/hibernate-mapping-3.0.dtd">
<hibernate-mapping>
	<class name="com.User" table="user">
		<id name="id" column="id_ID" >
			<generator class="increment"></generator>
		</id>
		<property name="url" column="URL" />
		<property name="encoding" column="ENCODING" />
	</class>
	<sql-query name="user.getUpdated">
	   <return-scalar column="id" type="integer"/>
	   <return-scalar column="count" type="long"/>
	   <![CDATA[
	   select * from user
	   ]]>
	</sql-query>
        <query name="Daily.getDailyByIdAndDate">
            from Daily
            where Id = :Id
                and date between :startDate and :endDate
    </query>
</hibernate-mapping>

 javaコード

Query query = getSession().getNamedQuery("Daily.getDailyByIdAndDate");
		query.setInteger("id", adOrderId);
		return (List<AdEntry>) query.list();

 ここでコードの中でget Session().get NamedQueryはいずれもqueryインターフェースオブジェクトですが、内部ではマッピングファイルの中でsql-queryまたはqueryに従って対応するqueryに戻ります。