SASでk-means法を書いてみる
はじめに
Machine Learning Advent Calendar 2012 5日目担当の @Prunus1350 です。
ガチ勢に囲まれてビビっておりますが、折角 @naoya_t さんに誘っていただいたので頑張って書きます。
本日の内容
非階層型クラスタリング手法の1つ、「k-means法」をSASでFASTCLUSプロシジャを使わずに書いてみました。
ランダムに取り出したデータの値を初期の重心に使う方式を採用しています。
用意したデータ
コード
書いたコードがこちら。
/* k-means */
options mprint;
%let indir = ~/in; * 入力ファイル格納ディレクトリ ;
%let outdir = ~/out; * 出力ファイル格納ディレクトリ ;
%let clus_num = 3; * クラスタの数をここで指定する ;
%let maxiter = 100; * 最大反復回数をここで指定する ;
%let mchg_cnt = 9999; * クラスタ割り当ての変化判定用マクロ変数 ;
* クラスタの重心格納用グローバルマクロ変数 ;
%macro global_var;
%do i = 1 %to &clus_num.;
%global gx&i.;
%global gy&i.;
%end;
%mend global_var;
%global_var;
%macro km;
* ファイル読込 ;
data km_data;
infile "&indir./km_data.csv" dsd missover firstobs = 2;
attrib x length = 8 label = "x座標";
attrib y length = 8 label = "y座標";
attrib clus length = 8 label = "クラスタ";
input x y;
clus = 0;
n = _n_; * 読込時のデータの並びを保持するための変数 ;
run;
* 各オブザベーションに乱数を振る ;
data km_g;
set km_data;
call streaminit(100);
rn = rand("uniform");
run;
* 与えられた乱数でソート ;
* 初期重心として利用される ;
proc sort data = km_g;
by rn;
run;
/* クラスタ割り当ての変化が無くなるまで
または最大反復回数まで繰り返し処理 */
%let iter = 1;
%do %while(&mchg_cnt. ne 0 and &iter. <= &maxiter.);
%mac_g;
%chg_clus;
%cal_g;
%let iter = %eval(&iter. + 1);
%end;
* 読込時と同じ並びにソート ;
proc sort data = km_data;
by n;
run;
* 結果ファイル出力 ;
ods csv file = "&outdir./km_result.csv";
proc print data = km_data noobs;
var x y clus;
run;
ods csv close;
%mend km;
%macro mac_g;
* 得られた重心をマクロ変数に格納する ;
data _null_;
set km_g(obs = &clus_num.);
%do i = 1 %to &clus_num.;
if _n_ eq &i. then do;
call symput("gx&i.", compress(put(x, best.)));
call symput("gy&i.", compress(put(y, best.)));
end;
%end;
run;
%mend mac_g;
%macro chg_clus;
/* 新しいクラスタの重心までの距離を計算し
一番近いクラスタに割り当てを変更する */
data km_data;
set km_data;
old_clus = clus;
chg_cnt = 0;
%do i = 1 %to &clus_num.;
d&i. = sqrt((&&gx&i.. - x) ** 2 + (&&gy&i.. - y) ** 2);
%end;
d_chk = min(of d1 - d&clus_num.);
clus = 0;
%do j = 1 %to &clus_num.;
if d_chk eq d&j. then clus = &j.;
%end;
* クラスタ割り当ての変化を判定 ;
if old_clus ne clus then chg_cnt = 1;
run;
* クラスタ割り当ての変化総数を計算 ;
proc summary data = km_data;
var chg_cnt;
output out = chg_chk(drop = _type_ _freq_) sum = ;
run;
* クラスタ割り当ての変化総数をマクロ変数に格納 ;
data _null_;
set chg_chk;
call symput("mchg_cnt", compress(put(chg_cnt, best.)));
run;
%mend chg_clus;
%macro cal_g;
proc sort data = km_data;
by clus;
run;
* 各クラスタの重心を計算 ;
proc summary data = km_data;
by clus;
var x y;
output out = km_g(drop = _type_ _freq_) mean = ;
run;
%mend cal_g;
* メイン処理実行 ;
%km;
結果
出力結果がこちら。clus列にクラスタが割り当てられています。
クラスタ別に色分けをしてプロットすると、
うまく行きました。
おまけ
FASTCLUSプロシジャを使えば、k-means法はこんな風に書けます。
proc fastclus data = km_data maxclusters = 3 maxiter = 100 out = km_result;
var x y;
run;
とても簡単に書けますね。
最後に
このような機会を作っていただきありがとうございました。
12月6日の担当は koh_t さんです。宜しくお願い致します。
Author And Source
この問題について(SASでk-means法を書いてみる), 我々は、より多くの情報をここで見つけました https://qiita.com/Prunus1350/items/898a8dc5cb74aaf45483著者帰属:元の著者の情報は、元のURLに含まれています。著作権は原作者に属する。
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