[LAB]UbuntuにSimpleElastix(Linux for PythonのInstall SimpleElastix)をインストールする

SimpleElastixは

SimpleElastixはSimpleITKで医療映像分析により多くの機能を追加したバージョンと見なすことができる.
SimpleITKはPythonから直接インストールできますが、SimpleElastixは直接Githubに入ってインストールする必要があります.

SimpleElastixのインストール

1.構築ツールのインストール

Python使用時は

$ sudo apt install cmake git build-essential -y
$ sudo apt-get install python python-dev -y

その他の言語:

python python-dev 부분을 아래의 Command로 바꿔주면 된다.

LanguageCommandLanguageCommandC#monodevelopJavaeclipseRr-base r-base-devRubyrubyTcltcl tcl-dev tk tk-dev

2.単純Elastixソースコードのインポート

以下のコードを入力するとインストールが開始され、約1時間(j 4基準)かかります.
[100%]Builttarget SimpleITKExamplesが表示されると、インストールは完了します.

$ git clone https://github.com/SuperElastix/SimpleElastix
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ../SimpleElastix/SuperBuild
$ make -j4

2-1. CPUコア数チェック

ctrl+alt+delを使用して、タスクマネージャのパフォーマンスCPUで検証します.
CPUコア数に応じて、j 2/4/6/8などを使用でき、インストール速度が高い.

3.SimpleElastixファイルの場所の変更

3-1. Windows 10からUbuntu環境へのアクセス

Ubuntuにインストールされているファイルを表示するには、次のパスに進みます.

\\wsl$\Ubuntu\home\[username]

3-2. パッケージフォルダで設定します。pyファイルのコピー

build > SimpleITK-build > Wrapping > Python > Packaging
フォルダに順番に入ると、次のフォルダとファイルが表示されます.
ここでsetuppyファイルをコピーします.

\\wsl$\Ubuntu\home\[username]\build\SimpleITK-build\Wrapping\Python\Packaging

3-3. Pythonフォルダで設定します。pyファイルの貼り付け

上に入力したパスの前のフォルダにPythonフォルダを設定します.pyファイルを貼り付けます.

4.PythonにSimpleElastixをインストールする

次の図にfined processingを示します.すなわち、インストールは良好です.

$ cd build/SimpleITK-build/Wrapping/Python
$ sudo python3 setup.py install

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Reference

https://simpleelastix.github.io/
https://simpleelastix.readthedocs.io/GettingStarted.html#compiling-on-linux
https://github.com/SuperElastix/SimpleElastix