コメントにてツッコミをいただきましたので、併せてご確認頂けると幸いです

変数aを定義し、１を入れた時
それぞれメモリ空間上に配置される

let a = 1;

aは1への参照(住所みたいなイメージ、メモリ空間上のアドレス)を保持している

変数bに変数aをコピーした時

let a = 1;
let b = a;

値の1がコピーされ、その参照を持つ変数bが作られる

それぞれ別の参照先なので、変数bに再代入しても、変数aは影響を受けない
参照先が張り替えられるだけ

let a = 1;
let b = a;
b = 2;

console.log(a,b); // 1 2

オブジェクト

let user = {
    name: '山田'
};

上記のようなオブジェクトが定義されている時

変数userは「オブジェクトへの参照」は対して参照をもつ
「オブジェクトへの参照」というのは、オブジェクトのプロパティなどを示すアドレス

オブジェクトのプロパティはそれぞれの値への参照をもちます

このオブジェクトをコピーします

let user = {
    name: '山田'
};

let secondUser = user;

ここでコピーされるものは「オブジェクトへの参照」です
「オブジェクトへの参照」への参照をコピーし、変数secondUserはそれへの参照を持ちます

なので、オブジェクトの参照はそのまま残っているので、書き換えると両方変わります

let user = {
    name: '山田'
};

let secondUser = user;

secondUser.name = '田中';

console.log(user.name, secondUser.name); // 田中　田中

See the Pen Object Reference by natusme (@natsume0718) on CodePen.

これは、メソッドの引数の時も同様の挙動となる

参考

【JS】初級者から中級者になるためのJavaScriptメカニズム の 参照とコピー