フォルダから指定された種類のファイルを削除します。

find . -name "*.bak" -type f -delete

削除する前に使用できます。

find . -name "*.bak" -type f

確認します
参考:
http://askubuntu.com/questions/377438/how-can-i-recursively-delete-all-files-of-a-specific-extension-in-the-current-di