Slurmでジョブの投入制限を設定する
やりたいこと
現在Slurmで管理しているクラスタへのジョブ同時投入数、同時実行数を制限する。
今回はパーティション単位の制限とユーザ単位の制限の2パターンを設定し、リソース制限の階層構造についても理解する。
前提環境
- Unixアカウント（LDAP）
- Slurmクラスタ（SlurmDBDがインストール済）
※注意事項：必ずUnixユーザ名(UID)≠Unixグループ名(GID)にする必要があります。
詳細はSlurm account synchronization with UNIX groups and usersを参照してください。
UnixアカウントとSlurmアカウントをSyncさせる
Slurmアカウント、ユーザの作成
UnixユーザとSlurmユーザを同期させるためには、Slurm側で以下2点を作成する必要があります。
- ①
Unixグループと同名のSlurmアカウント - ②
Unixユーザと同名Slurmユーザ
詳細はSlurm account synchronization with UNIX groups and users | P6を参照してください。
Unixアカウントの確認
id handson
uid=132400015 gid=132400013(handson-group) groups=132400013(handson-group) context=unconfined_u:unconfined_r:unconfined_t:s0-s0:c0.c1023
Slurmアカウントの作成
ユーザの所属するGroupをslurmのaccountに指定します。
sacctmgr add account handson-group
確認コマンド
sacctmgr list account
Account Descr Org
---------- -------------------- --------------------
handson-+ handson-group handson-group
root default root account root
Slurmユーザの作成
sacctmgr add user handson account=handson-group
確認コマンド
sacctmgr list user
User Def Acct Admin
---------- ---------- ---------
handson handson-+ None
root root Administ+
ジョブの投入制限、実行制限の設定
Slurmにおけるリソースの制限について
Slurmにおけるリソースの制限については、以下7つの階層(方法)で各種制限を設定することができ、各制限については上位の制限が優先されます。
また、設定付与の形式についてはassociationという設定を個別に指定して付与する形とQOSという複数の設定をひとまとめにしたものを付与する形があります。
Slurmにおけるリソース制限の階層
1. Partition QOS limit
2. Job QOS limit
3. User association
4. Account※ association
5. Root/Cluster association
6. Partition limit
7. None
※SlurmにおけるアカウントはUnixにおけるユーザグループとマッピングされます。
今回の設定したい項目であるジョブの実行数、投入数の制限に関する設定項目を公式サイトで確認し抜粋してみました。
ジョブ数制限関連の設定
associationとして指定できるもの、QOSとして指定できるものをそれぞれの列に記載しています。
リソース制限を有効にする
ｓlurmのコンフィグファイルslurm.confに以下設定を追記します。
echo "AccountingStorageEnforce=limits" >> /PATH/TO/slurm.conｆ
注意： 上記設定を有効にするとユーザのassociationがDBにないとジョブが実行できなくなります。
(= slurmユーザではないUnixアカウントはジョブを実行できなくなる。)
各Head、Computeノードのslurm.confを上書きし設定反映、ヘッドノードの ｓlurmctld /コンピュートノードの ｓlurmd を stop/start します。
sudo systemctl stop slurmctld
sudo pdsh -w ${NODE} "systemctl stop slurmd"
sudo systemctl start slurmctld
sudo pdsh -w ${NODE} "systemctl start slurmd"
sudo systemctl status slurmctld
sudo pdsh -w ${NODE} "systemctl status slurmd"
ユーザに対してassociationを設定する
slurm.conf で指定したSlurmUserにスイッチします。
※ここではrootにスイッチしてます。
sudo su -
最大ジョブ実行のassociationを設定します。
sacctmgr modify user handson account=handson-group set MaxJobs=1
設定を確認します。
format=に確認したい設定の値を指定することで出力をフィルターできます。
sacctmgr show Association format=Cluster,Account,User,MaxJobs,MaxSubmit
Cluster Account User MaxJobs MaxSubmit
---------- ---------- ---------- ------- ---------
20211012 root
20211012 root root
20211012 handson-g+
20211012 handson-g+ handson 1
ジョブを実行してみます。
su - handson
sbatch run.sh
sbatch run.sh
sbatch run.sh
ジョブの実行状況を確認します。
フェデレーションされている環境では--federationオプションを指定します。
squeue --federation
指定した MaxJobs＝１ の数を超えるジョブはPendingされていることが見て取れます。
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
67109182 vkix01 handson handson PD 0:00 1 (AssocMaxJobsLimit)
67109183 vkix01 handson handson PD 0:00 1 (AssocMaxJobsLimit)
67109180 vkix01 handson handson R 0:09 1 computenode01
パーティションにQOSを設定する
SlurmUserにスイッチします。
exit
sudo su -
QOSを作成します。
sacctmgr add qos handsonqos
QOSの設定を変更します。
今回は 最大ジョブ実行数：MaxJobs=0、最大ジョブ投入数：MaxSubmitJobsPerUser=0を設定しジョブを投入できない状態に設定してみます。
※QOS設定可能な設定値詳細についてはResourceLimitをご参照ください。
sacctmgr modify qos handsonqos set MaxJobs=0 MaxSubmitJobsPerUser=0
QOSの設定を確認します。
format=に確認したい設定の値を指定することで出力をフィルターできます。
※QOSではMaxSubmit=MaxSubmitJobsPerUserです。
sacctmgr show qos format="Name,MaxWall,MaxTRESPerUser%30,MaxJob,MaxSubmit,Priority,Preempt"
Name MaxWall MaxTRESPU MaxJobs MaxSubmit Priority Preempt
---------- ----------- ------------------------------ ------- --------- ---------- ----------
normal 0
handsonqo+ 0 0 0
slurm.confでQOSを設定したいパーティションにQOS設定を追加
--抜粋--
PartitionName=debug Nodes=loginnode Default=No MaxTime=INFINITE State=UP
PartitionName=vkix01 Nodes=computenode0[1-2] Default=Yes MaxTime=1:00:00 State=UP QOS=handsonqos
各Head、Computeノードのslurm.confを上書きし設定反映、ヘッドノードの ｓlurmctld /コンピュートノードの ｓlurmd を stop/start します。
sudo systemctl stop slurmctld
sudo pdsh -w ${NODE} "systemctl stop slurmd"
sudo systemctl start slurmctld
sudo pdsh -w ${NODE} "systemctl start slurmd"
sudo systemctl status slurmctld
sudo pdsh -w ${NODE} "systemctl status slurmd"
```bash:update.sh
#!/bin/bash
sudo cp -p /scratch/slurm.conf.tmp /usr/local/etc/slurm.conf
sudo systemctl stop slurmctld
sudo systemctl start slurmctld
sudo systemctl status slurmctld
sudo systemctl stop slurmd
sudo systemctl start slurmd
sudo systemctl status slurmd
パーティションの設定を確認します。
scontrol show partition
PartitionName=vkix02
AllowGroups=ALL AllowAccounts=ALL AllowQos=ALL
AllocNodes=ALL Default=YES QoS=handsonqos
DefaultTime=NONE DisableRootJobs=NO ExclusiveUser=NO GraceTime=0 Hidden=NO
MaxNodes=UNLIMITED MaxTime=UNLIMITED MinNodes=0 LLN=NO MaxCPUsPerNode=UNLIMITED
Nodes=computenode0[3-4]
PriorityJobFactor=1 PriorityTier=1 RootOnly=NO ReqResv=NO OverSubscribe=NO
OverTimeLimit=NONE PreemptMode=OFF
State=UP TotalCPUs=2 TotalNodes=2 SelectTypeParameters=NONE
JobDefaults=(null)
DefMemPerNode=UNLIMITED MaxMemPerNode=UNLIMITED
他のQOS設定やassociationの設定状況を確認します。
sacctmgr show Association format=Cluster,User,Priority,MaxJobs,MaxSubmit,QOS
Cluster User Priority MaxJobs MaxSubmit QOS
---------- ---------- ---------- ------- --------- --------------------
20211012 normal
20211012 root normal
20211012 normal
20211012 handson 1 normal
20211012 normal
20211012 nakamura 1 normal
20211012 normal
ジョブを実行してみます。
su - handson
sbatch run.sh
パーティションQOSの設定が優先されジョブが実行できないことが確認できました。
sbatch: error: QOSMaxSubmitJobPerUserLimit
sbatch: error: Batch job submission failed: Job violates accounting/QOS policy (job submit limit, user's size and/or time limits)
Author And Source
この問題について(Slurmでジョブの投入制限を設定する), 我々は、より多くの情報をここで見つけました https://qiita.com/Masataka_N/items/90db5e7bf79e1650f25d著者帰属：元の著者の情報は、元のURLに含まれています。著作権は原作者に属する。
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