業務でDBeaverを利用しはじめて半年程度です。便利に使っています。
設定を見直したメモです。

Edit Connection

Connectionごとの設定です。

Auto-commitを無効化

Auto-commitを無効化

Isolation Levelを適切に設定

私の場合、普段は Read Commit に設定しています。手動でDBを更新することがないため、常にアプリケーションの一連の処理が終わった状態を参照したいからです。
メンテナンスなどで手動で更新する必要がある場合のみ、 Serializable に設定します。メンテナンスでは全件取得 → WHERE句が同じ状態で UPDARE のような手順を取ることがあり、その間に行数が増減するのを防ぐためです。

Connection type

環境ごとに適切に設定します。

Security

影響の大きい環境では Read-only connection に設定します。こうすることで、UPDATEやDELETEの誤爆を防げます。

Preference

全体で共通の設定です。

Preference > DBeaver > Connection Types

普段からトランザクションに慣れておきたいので、Development環境でも Auto-commit by default はOFFにしています。
その代わり、Confirm data changes はDevelopmentではオフにします。どちらもオンだと、DevelopmentとProductionの間違えに気がつくきっかけが減ってしまうと考えているためです。

Preference > DBeaver > Editors > SQL Editor

Connect on editor activation をオフにして、 .sql ファイルを開いた際の接続先を明示的に指定するようにします。

Preference > DBeaver > Transactions

Auto Commit をオフにしていれば無意味なのですが、万一 Auto Commitがデフォルトでオンになっていた場合に備えて Return to auto-commit on transaction end を無効化します。

JVM起動時のオプション

Timezone を UTCに変更

/Applications/DBeaver.app/Contents/Eclipse/dbeaver.ini に -Duser.timezone=GMT オプションを追加します。時刻が勝手にJSTで表示されるのはハマるのでおすすめできません。

-vm
../Eclipse/jre/Contents/Home/bin/java
(省略)
-Xms64m
-Xmx1024m
-XstartOnFirstThread
-Duser.timezone=GMT

その他

ショートカット読み込んでおくと業務効率が上がりそうですね。
素晴らしいまとめがあったのでリンクをご紹介。
https://wonwon-eater.com/dbeaver-shortcut