何気にお名前.comでドメインを取得したことがなく、今回初めて使ったので表題の備忘録。
いろいろ調べましたが以下のページが最もわかりやすかった。
お名前.comで取得したドメインをさくらサーバーで使用する

結論から言うとさくら側とお名前.com側両方での設定が必要。
順番は 1.さくら側を設定→2.お名前.com側を設定。

さくら側の設定

1. コントロールパネルにログイン

2. 左カラムのドメイン設定を選択

3.新しいドメインの追加をクリック

4.「他社で取得したドメインを移管せずに使う、、」から「ドメインの追加へ進む」をクリック

5.　「ドメイン名」にwww無しでドメインを記入。ここで表記されているネームサーバアドレスは後にお名前.comの設定で使う。

お名前.com側の設定

1. ドメインNaviにアクセス

2. 会員ID(ドメイン登録時に届いているはずの「ネームサーバー情報変更 完了通知」メールに記載)と、ドメイン取得時に設定したパスワードを記入しログイン

3. 左カラムから「ネームサーバーの変更 」を選択。

4. アラートが表示されるが無視して手続きを進める。

5. 「他のネームサーバーを使用」タブを選択し、先ほどさくら側で確認したプライマリネームサーバー、セカンダリネームサーバーを記入。

以上で反映されるはずです。
僕は一瞬で反映されましたが、数時間〜２４時間かかる場合もあるようです。