【SimpleITKチュートリアル】SimpleITK Dicomシーケンスの読み込み
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医学画像データの一般的なフォーマットはdcmまたはnrrdである.
次のチュートリアルでは、複数のスライスを含むdicomシーケンスを読み取り、単一の3 Dのdcmファイルに変換する方法を示します.
次のチュートリアルでは、複数のスライスを含むdicomシーケンスを読み取り、単一の3 Dのdcmファイルに変換する方法を示します.
import SimpleITK as sitk
# Dicom （ ， dcm ， ）
file_path = "/data/jianjunming/BEOT/BEOT_1st/B/B13-5219998/"
# ID， ID， series_IDs
series_IDs = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(file_path)
#
nb_series = len(series_IDs)
print(nb_series)
# ID ID ， series_IDs[1] ID
# series_IDs[1] ，
series_file_names = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames(file_path, series_IDs[1])
# ImageSeriesReader
series_reader = sitk.ImageSeriesReader()
#
series_reader.SetFileNames(series_file_names)
# 3D
image3D = series_reader.Execute()
# 3D
print(image3D.GetSize())
# DCM NRRD
sitk.WriteImage(image3D, 'img3D.dcm')
# sitk.WriteImage(image3D, 'img3D.nrrd')