RDKit入門⑨：データフレーム内の分子群に対する化学反応の適用とExcelファイルへの出力

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw, PandasTools
#パッケージの読み込み。

df = PandasTools.LoadSDF("2021-02 Asinex BB - 22525.sdf")
df['SMILES'] = df['ROMol'].map(Chem.MolToSmiles)
df = df.drop(['ID', 'ROMol'], axis = 1)
PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(df, smilesCol = 'SMILES')
df.to_pickle("Asinex_Building_Blocks.pkl")
#2021-02 Asinex BB - 22525.sdfを読み込み、dfと定義した。
#格納されていた分子からSMILES構造式を作成し、SMILESという名の列に格納した。
#IDの列とROMolの列を削除した。
#SMILES列に格納されたSMILES構造式からMolオブジェクトを作成した。
#dfをAsinex_Building_Blocks.pklという名のpickelファイルで保存した。

query = Chem.MolFromSmarts("c[Cl,Br,I]")
#検索したい構造をSMARTS記法で表し、queryというmolオブジェクトにした。
df_1 = df[df['ROMol'] >= query]
#queryの部分構造を有する化合物をピックアップしたデータフレームをつくり、df_1と定義した。

PandasTools.SaveXlsxFromFrame(df_1, "aryl_halides.xlsx", size = (200,200))
#df_1をaryl_halides.xlsxという名のExcelファイルとして出力した。

rxn = AllChem.ReactionFromSmarts("[c:1][Cl,Br,I:2]>>[c:1]B1OC(C)(C)C(C)(C)O1")
rxn.Initialize()
def Borylation(mol):
    while rxn.IsMoleculeReactant(mol) == True:
        mol = rxn.RunReactants([mol])[0][0]
        mol.UpdatePropertyCache(strict = False)
    return mol
#分子内の全てのハロゲン化アリールをAr-Bpinに変える反応をBorylationと定義した。

df_1["Product"] = df_1['ROMol'].map(Borylation)
#df_1のROMolの列に格納されているMolオブジェクトにBorylationを適用し、Product列に格納。

df_2 = df_1.drop(['SMILES', 'ROMol'], axis = 1)
#df_1からSMILESとROMolの列を削除したものをdf_2と定義した。

PandasTools.SaveXlsxFromFrame(df_2, "aryl_Bpin.xlsx", molCol = 'Product', size = (200,200))
#df_2をaryl_Bpin.xlsxという名のExcelファイルとして出力した。