マウスのgskb遺伝子セットデータベース

Gene Set Knowledgebase(GSKB)は、GSEAアルゴリズムのMSigDB(molecular signature database)を完全に借りて、データベースは、同じく有名なbroad開発であり、7種類に分けられている.

Gene Ontology

Curated pathways

Metabolic Pathways

Transcription Factor (TF)

microRNA target genes,

location (cytogenetics band)

others

40以上の異なる知識データベースから収集・整理し,33261個の遺伝子セットを得た.
gskbというRパッケージをインストールします
PDFチュートリアルのインストールと表示:

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("gskb")
library(gskb)
browseVignettes("gskb")  
biocLite("PGSEA")

最新チュートリアル:https://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/html/gskb.html
組み込みデータセットの表示
データセットは7つに分かれており、それぞれ表示できます.

library(gskb) 
data(mm_miRNA)
mm_miRNA[[1]][1:10]

mm_GO   Gene Ontology Data for Mouse
mm_location Chromosomal Location Data for Mouse
mm_metabolic    Metabolic Pathways Data for Mouse
mm_miRNA    miRNA Target Genes Data for Mouse
mm_other    Other Data for Mouse
mm_pathway  Pathway Data for Mouse
mm_TF   Transcription Factor Target Genes Data for Mouse

このパッケージに格納されている遺伝子セットのフォーマットは、次のとおりです.

 [1] "MIRNA_MM_BETEL_MMU-LET-7A"                                                                        
 [2] "BETEL_MMU-LET-7A; Good mirSVR score Conserved; The microRNA.org resource: targets and expression."
 [3] "NSUN4"                                                                                            
 [4] "DCX"                                                                                              
 [5] "KCNK6"                                                                                            
 [6] "PBX1"                                                                                             
 [7] "PHF8"                                                                                             
 [8] "RACGAP1"                                                                                          
 [9] "EFHD2"                                                                                            
[10] "DCBLD2"  

最初の2つの元素は遺伝子ではないことがわかりますが、注意が必要ですよ.
遺伝子セットの差異分析

library(PGSEA)
library(gskb)
data(mm_miRNA)
gse

データセットのソース:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE402612012年に発表されたHepatic gene expression changes following antisense oligonucleotide-based inhibition of miR-29 aについて
この表現行列のサンプルは次のとおりです.

> colnames(gse)
[1] "GSM989360_Control1"         "GSM989361__Control2"        "GSM989362_Control3"        
[4] "GSM989363__Control4"        "GSM989364_Anti.miR.29_rep1" "GSM989365_Anti.miR.29_rep1"
[7] "GSM989366_Anti.miR.29_rep3" "GSM989367_Anti.miR.29_rep4"

各遺伝子セットの各サンプルでの採点と、サンプルの記述情報があれば、下流分析を自由に行うことができます.