RDKit|RDKit中和帯電分子に基づく
化合物の前処理
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データの読み込み
ちゅうわたいでんぶんし
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from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import MolStandardize
データの読み込み
smis = ("c1cccc[nH+]1",
"C[N+](C)(C)C", "c1ccccc1[NH3+]",
"CC(=O)[O-]", "c1ccccc1[O-]",
"CCS",
"C[N-]S(=O)(=O)C",
"C[N-]C=C", "C[N-]N=C",
"c1ccc[n-]1",
"CC[N-]C(=O)CC")
ちゅうわたいでんぶんし
Before: c1cccc[nH+]1 -> After: c1ccncc1
Before: C[N+](C)(C)C -> After: C[N+](C)(C)C
Before: c1ccccc1[NH3+] -> After: Nc1ccccc1
Before: CC(=O)[O-] -> After: CC(=O)O
Before: c1ccccc1[O-] -> After: Oc1ccccc1
Before: CCS -> After: CCS
Before: C[N-]S(=O)(=O)C -> After: CNS(C)(=O)=O
Before: C[N-]C=C -> After: C=CNC
Before: C[N-]N=C -> After: C=NNC
Before: c