python読出しdicom画像例(SimpleITKとdicomパッケージ実現)


1.SimpleITKでdicomシーケンスを読み込む:

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'
mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1'
 
reader = sitk.ImageSeriesReader()
img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)
reader.SetFileNames(img_names)
image = reader.Execute()
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x
 
reader = sitk.ImageSeriesReader()
mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)
reader.SetFileNames(mask_names)
mask = reader.Execute()
mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x
2.dicomで一枚のdicom画像を読み取り、表示する:

import dicom 
import pylab  
 
ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")  
pixel_bytes = ds.PixelData 
 
##CT         
pix = ds.pixel_array 
 
##       
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) 
pylab.show() 
    dicom           ,        :

##        ,      data_array,     PixelData 
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 
  if val < 300: 
    ds.pixel_array.flat[n]=0 
ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring() 
ds.save_as("newfilename.dcm") 
3.また、pydicomでもdicom画像を読み取ることができます。
以上のpythonでdicom画像を読み込む例(SimpleITKとdicomパッケージが実現しました)は、小編集で皆さんに共有した内容の全てです。参考にしていただければと思います。どうぞよろしくお願いします。