python統計fqファイルによるフィルタ後の長さ分布
664 ワード
通常、シーケンシング会社から入手したfqファイルは4行に分けられ、第1の行動配列名、第2の行動配列の塩基、第3の行動配列名は、通常+番号で置き換えられ、第4の行動塩基品質である.コードは次のとおりです.
shell:
from collections import Counter
with open('srg1.r1.paired.fq','r') as Fileout, open('srg1.r1.paired.results.txt','w') as Filein:
i = 4
dic, arr = {}, []
while True:
line = Fileout.readline()
i += 1
if i%4 == 2:
arr.append(len(str(line)))
if not line:
break
dic = Counter(arr)
for k,v in dic.iteritems():
Filein.write(k + v)
shell:
cat your.fq | paste ----| awk '{print ">"$1 "
" $2}'