condaのインストールと管理

Condaはオープンソースのパッケージ管理システムと環境管理システムで、複数のバージョンのパッケージとその依存関係をインストールし、それらの間を簡単に切り替えることができます.

conda https://www.anaconda.com/

Bioconda http://bioconda.github.io/

公式チュートリアルhttps://conda.io/docs/user-guide/index.html

清華源https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

チュートリアルhttp://www.jianshu.com/p/a9a65e868dca

チュートリアル2https://zhuanlan.zhihu.com/p/22678445

condaのインストール

# miniconda
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc

# anaconda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh

配置~/.condarc
清華源の使用を推奨https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels defaults
conda config --set show_channel_urls yes
#      ~/.condarc

condarcの最後のファイルは以下の通りです.

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda 
  - conda-forge
  - r
  - bioconda
  - defaults
show_channel_urls yes
ssl_verify: true

共通コマンド

#  R  
conda install -c r r-essentials


conda info -e  #      
conda info  #    

#       py35
conda create -n py35 python=3.5
source activate py35  #   py35       
source deactivate     #  
conda remove -n env_name --all  #      

conda list  #             
conda list -n your_env_name  #                
conda install numpy pandas  #  
conda install -n env_name pandas
conda uninstall pandas  #  

conda search pyqtgraph  #   
conda update numpy      #   
conda remove numpy      #   
conda install    =     #