ネットでおおよそのTipsは出てるのですが、自分の環境だとここが足りない、あれが足りないだったので、備忘録的に書いておきます。
後で暇なときにスクショ入れたりして、もう少し見やすくしたいと思いまう。

Cloud9でリポジトリを作成する

まずは、GitHubにpushしたいディレクトリに移動しましょう
'$ cd hogehoge'
※hogehogeは自分のディレクトリ名を入れてください

カレントディレクトリをリポジトリに登録します
'$ git init'

カレントディレクトリのすべてのファイルを選択します
'git add -A'

↑をコミットします
'git commit -m "first commit"'

GitHub上にリモートリポジトリをつるく

一旦Cloud9上での作業は置いておいて、次はGitHub上でリモートリポジトリを作ります。

ダッシュボード画面でStart a Projectをクリック。

ちなみにGitHub初心者あるあるだと思うのですが、ダッシュボードで最初に表示されるガイドを消してしまったり、
プロフィール画面に行ってしまったりすると、このStart a Projectがどれだか分からなくなっちゃうんですよね・・・。
ダッシュボード画面やrepositories画面にある、緑のNewボタンが、Start a Projectボタンに当たります。

Cloud9上のディレクトリ名と同じファイル名（hogehoge）にして、Create repositoryをクリックして作成します。

Cloud9でSSH認証用の公開鍵を作る

再度、Cloud9に戻り、GitHubとCloud9間でデータの受け渡しをする際の鍵を作ります

下記のコマンドで鍵を作ります
'$cd ~/.ssh
$ ls -ltr'
（処理が流れます）
'$ ssh-keygen'
（処理が流れます）
'$ ls -ltr'

下記のコマンドで公開鍵を表示させます。次の章で使うので、'ssh-rsa'以下をコピーしておいてください。
'$ cat ~/.ssh/id_rsa.pub'
※コピーする際は'ssh-rsa'も含んでね！

GitHubに公開鍵を設定する

またまたGitHubに戻ります。
右上のプロフィールアイコンからメニューをドリルダウンし、「Settings」を開いてください。
「SSH and GPG keys」をクリックし、「New SSH key」をクリックします。

Titleに「Cloud9」、Keyに先ほどコピーした公開鍵情報を貼り付けます。
「Add SHH key」をクリックして設定完了です。
※本当はTitleはなんでも良いのですが、とりあえずわかりやすくCloud9にしておいた方が無難です

GitHubで、送り先リポジトリの住所を確認しておく

GitHub上で、先ほど作ったリモートリポジトリに移動し、
Set up in Desktop or HTTPS
のSSHをクリックすると、右側に、送り先リポジトリの住所が表示されます。
次の章で使うので、コピーしておいてください。

Cloud9からGitHubにpushする

再度、Cloud9のコンソールに戻りましょう。

下記のコマンドでプッシュをします。
'$git push 先ほどコピーした住所 master'

自分の場合は
'$ git push [email protected]:higu1988/CARAVAN.git master'

ちなみに、先ほど公開鍵を作ったコンソールに↑のコマンドを入れても、
ファイルが見つからないという文章が返ってきた初心者の方いませんか？
プッシュするには、プッシュしたいブランチに移動する必要があります。
コンソールのタブの右側にある（＋）を押して、New Terminalを開き、
'$ cd hogehoge'
を入れて、プッシュしたいブランチに移動しましょう。

プッシュのコマンドを入れたら、最初にプッシュした時は
'Are you sure you want to continue connecting (yes/no)?'
と聞かれます。
'yes'
と入れてEnterしましょう。

そうすると、処理が走ってプッシュが完了します！

GitHubでプッシュされているか確認

最後に、GitHubのリポジトリに移動して、データが入っているか確認しましょう

以上です。
何か間違っているところがあれば、ご指摘いただけると嬉しいです！