PythonでLiNGAM

統計的因果探索で利用されるモデルの1つのLiNGAMについて、Pythonでの使用法のメモ(自分用)。
今回はパッケージ化されているものを使用。

07May'20: Written

はじめに

現在、因果探索アプローチに用いられるLiNGAMはRおよびPythonで実装されている。

いろいろなLiNGAMモデルのR and/or Python
https://sites.google.com/site/sshimizu06/lingam

今回はその中でもPythonを使用したものを動作確認までみていく。

導入環境

OS: Mojave (version; 10.14.6)
Python: 3.7.6
JupyterLab: 1.2.6

手順

1. パッケージのインストール
2. Graphvizの整備
3. 動作確認

パッケージのインストール

Terminalでインストールは以下。

$ pip install lingam

Graphvizの整備

このままJupyterLabを起動して実行しようとしても、因果グラフの描画のときにErrorを起こしてしまう。
そこでそれを回避するために、描画に使用するGraphvizをアンイストールし、その後python-で再インストールする。
これによりJupyterLabでも描画が可能になる。

Terminalで以下。

$ conda remove graphviz
$ conda install python-graphviz

動作確認

今回はチュートリアルを用いてみていく。

GitHubからファイルのダウンロード

以下のサイトの「Clone or Download」からローカルに落とす。
https://github.com/cdt15/lingam

JupyterLab起動

どんな方法でもいいが以下のように実行した。

Terminalで以下。

$ jupyter lab

「examples」からテキトーにUpload

落としたファイルの中の「examples」から、今回は「utils.ipynb」を使用。
なので、JupyterLab上にこれをUploadする。

動かしてみる

基本的には読み込んだノートブックをCellごとにRunしていき動作確認する。

参照

• LiNGAMのGitHub https://github.com/cdt15/lingam
• LiNGAMのPythonパッケージでのTutrial and API reference https://lingam.readthedocs.io/en/latest/index.html
• LiNGAMのプロジェクトサイト https://sites.google.com/site/sshimizu06/lingam