RStudio-仮定検査

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  • 単因子分散分析(変数が正規分布に従うと仮定し、各群の分散が等しい)#正規性検査:Shapiro-Wilkで
  • を検査する
    cholesterol .omit(cholesterol)
    shapiro.test(cholesterol)    

    P>α,データセットは正規分布に従うと考えられる.注意:よくある問題と解決方法:
     #   1
    Error: is.numeric(x) is not TRU 
    cholesterol as.numeric(cholesterol)
     #   2
    Error: (list) object cannot be coerced to type 'double'
    cholesterol as.matrix(cholesterol)
    cholesterol as.numeric(cholesterol)
    shapiro.test(cholesterol) 

    #分散性検査:bartlettで検査する
    bartlett.test(response~trt,data = cholesterol)  

    P>α,分散は同じであり,差は顕著ではないと考えられる.注意:よくある問題と解決方法:
    Error in eval(m$data, parent.frame()) : object 'cholesterol' not found
    Cholesterol multcomp      ,      multcomp 。

    #離群点検査:分散分析は離群点に非常に敏感であり、carパッケージのoutlierTest()関数を使用して離群点を検出することができる.
    > library(multcomp)
    > fit $response~cholesterol$trt)
    > outlierTest(fit)
      :No Studentized residuals with Bonferonni p < 0.05
    Largest |rstudent|:
                  rstudent unadjusted p-value Bonferonni p
               19 2.251149         0.029422          NA

    注記:p-value<0.05は、群から離れた点が存在し、差が顕著であることを示している.Bonferonni p(P>1のときにNAが発生する)は、離群点が存在しないことを示し、Bonferonniは推定結論を出す際により慎重で保守的になる傾向にある.『R言語実戦』の結果によると、ここではcholesterolデータに離群点が含まれていないことを示す.結果を明確化するには、作図が上の選択であり、これは次節でまとめる.
  • 単因子共分散分析(変数が正規性、同分散性、回帰傾斜率に従うと仮定)回帰傾斜同一性検査:multcompパケット中のlitterデータセットを例に挙げる.4つの処理グループが妊娠時間によって出生体重を予測する回帰傾斜が同じであると仮定し、単因子共分散分析(ANCOVA)モデルは妊娠時間*用量の相互項を含み、相互項相互作用の顕著性によって回帰傾きが等しいか否かを判別することができる.
    > library(multcomp)
    > fit2  summary(fit2)
         :        Df  Sum Sq  Mean Sq  F value  Pr(>F)   
    gesttime         1    134.3    134.30    8.289  0.00537 **
    dose             3    137.1     45.71    2.821  0.04556 * 
    gesttime:dose    3    81.9      27.29    1.684  0.17889   
    Residuals       66  1069.4     16.20                   
    ---
    Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

    注記:インタラクティブ妊娠時間*用量のPrは0.17889であり、0.05より大きく、インタラクティブ効果が顕著ではなく、傾きが同じで、差が顕著ではないという仮定を支持していることを示している.