前提

• OS:CentOS release 6.6
• PHP:PHP 5.6.4

手順

• phpDocumentorをインストール

$ pear update-channels
$ pear upgrade pear
$ pear upgrade-all
$ pear channel-discover pear.phpdoc.org
$ pear install -a phpdoc/phpDocumentor-alpha
$ phpdoc --version
$ phpDocumentor version 2.0.0a11

• 上記でインストールは完了。下記コマンドでドキュメントを生成してみる

$ phpdoc -d [入力ディレクトリ] -t [出力ディレクトリ]

　'Unable to find the dot command of the GraphViz package. Is GraphViz correctly installed and present in your path?'と出て利用できないはず。
　GraphpVizがないと言われているので、コチラをインストールする。今回はyumで！

• yumのリポジトリにgraphvizを追加する。(もちろんないことを確認してから実施)

[root@localhost ~]# cd /etc/yum.repos.d/
[root@localhost yum.repos.d]# wget http://www.graphviz.org/graphviz-rhel.repo

• インストールされるものを確認

[root@localhost yum.repos.d]# yum list available 'graphviz*'
読み込んだプラグイン:fastestmirror, security
Loading mirror speeds from cached hostfile
* base: www.ftp.ne.jp
* epel: mirror.nus.edu.sg
* extras: www.ftp.ne.jp
* updates: www.ftp.ne.jp
* webtatic: us-east.repo.webtatic.com
利用可能なパッケージ
graphviz.i686 2.26.0-10.el6 base
graphviz-devel.i686 2.26.0-10.el6 base
graphviz-doc.x86_64 2.34.0-1.el6 graphviz-stable
graphviz-gd.i686 2.26.0-10.el6 base
graphviz-graphs.x86_64 2.34.0-1.el6 graphviz-stable
graphviz-guile.x86_64 2.34.0-1.el6 graphviz-stable
graphviz-java.x86_64 2.34.0-1.el6 graphviz-stable
graphviz-lua.x86_64 2.34.0-1.el6 graphviz-stable
graphviz-ocaml.x86_64 2.34.0-1.el6 graphviz-stable
graphviz-perl.x86_64 2.34.0-1.el6 graphviz-stable
graphviz-php.x86_64 2.34.0-1.el6 graphviz-stable
graphviz-python.x86_64 2.34.0-1.el6 graphviz-stable
graphviz-ruby.x86_64 2.34.0-1.el6 graphviz-stable
graphviz-tcl.x86_64 2.34.0-1.el6 graphviz-stable

• graphvizをインストール

[root@server yum.repos.d]# yum install 'graphviz*'

　今回はこれですんなり終わりました。エラーが出たら上記を個別でインストールしましょう！
　再度下記コマンドを実施！これで、出力ディレクトリに必要ファイルが吐き出されているはずなので、index.htmlにアクセスしてみてください♪

$ phpdoc -d [入力ディレクトリ] -t [出力ディレクトリ]

注意点

今回はすんなり入ってしまったので、特には。今後何かあれば記載します。