NGCで遊んでみよう！ -LAMMPS編-
NGCで遊んでみた記録。
NGCとは
ディープラーニングやHPCのためにGPUに最適化されたソフトウェアのハブ。最近はディープラーニングのモデルやモデルスクリプトも登場している。
LAMMPSとは
有名な古典MDのソフトウェア。私は第一原理電子状態計算屋さんなので、これ以上の説明は無理。。
環境
最新じゃないけど、遊ぶには十分。なはず。
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| NVIDIA-SMI 410.66 Driver Version: 410.66 CUDA Version: 10.0 |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU Name Persistence-M| Bus-Id Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan Temp Perf Pwr:Usage/Cap| Memory-Usage | GPU-Util Compute M. |
|===============================+======================+======================|
| 0 GeForce GTX 1080 Off | 00000000:02:00.0 Off | N/A |
| 29% 44C P8 5W / 180W | 2MiB / 8119MiB | 0% Default |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+
実行モジュールの準備
NGCからコンテナをpullするだけ。
$ docker pull nvcr.io/hpc/lammps:24Oct2018
サンプルの実行
exampleをダウンロードしておく。
$ git clone https://github.com/lammps/lammps
このディレクトリをマウントしてコンテナ起動。今回はインタラクティブで使ってみる。なお、このやり方だとログファイルとかがroot権限で書かれてしまうので注意が必要。避けたい場合は起動時に -u $(id -u):$(id -g) を付けるとか、Singularityを使うとか、何らかの工夫が必要。
$ sudo docker run --runtime=nvidia -v $(pwd):/workspace --rm -it nvcr.io/hpc/lammps:24Oct2018
CPUで実行
# cd /workspace/lammps/examples/accelerate/
# lmp -in in.lj
LAMMPS (24 Oct 2018)
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (src/comm.cpp:87)
using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
...
(1) pair lj/cut, perpetual
attributes: half, newton on
pair build: half/bin/atomonly/newton
stencil: half/bin/3d/newton
bin: standard
...
MPI task timing breakdown:
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
---------------------------------------------------------------
Pair | 1.5477 | 1.5477 | 1.5477 | 0.0 | 86.35
Neigh | 0.19001 | 0.19001 | 0.19001 | 0.0 | 10.60
Comm | 0.016558 | 0.016558 | 0.016558 | 0.0 | 0.92
Output | 0.00013641 | 0.00013641 | 0.00013641 | 0.0 | 0.01
Modify | 0.031982 | 0.031982 | 0.031982 | 0.0 | 1.78
Other | | 0.006075 | | | 0.34
...
Total # of neighbors = 1202833
Ave neighs/atom = 37.5885
Neighbor list builds = 5
Dangerous builds not checked
Total wall time: 0:00:01
GPUで実行
# cd /workspace/lammps/examples/accelerate/
# lmp -k on g 1 -sf kk -in in.lj
LAMMPS (24 Oct 2018)
KOKKOS mode is enabled (src/KOKKOS/kokkos.cpp:77)
will use up to 1 GPU(s) per node
using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
package kokkos
...
(1) pair lj/cut/kk, perpetual
attributes: full, newton off, kokkos_device
pair build: full/bin/kk/device
stencil: full/bin/3d
bin: kk/device
...
MPI task timing breakdown:
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
---------------------------------------------------------------
Pair | 0.0033382 | 0.0033382 | 0.0033382 | 0.0 | 3.03
Neigh | 0.033471 | 0.033471 | 0.033471 | 0.0 | 30.42
Comm | 0.011485 | 0.011485 | 0.011485 | 0.0 | 10.44
Output | 0.00015949 | 0.00015949 | 0.00015949 | 0.0 | 0.14
Modify | 0.058974 | 0.058974 | 0.058974 | 0.0 | 53.59
Other | | 0.00261 | | | 2.37
...
Total # of neighbors = 2405666
Ave neighs/atom = 75.1771
Neighbor list builds = 5
Dangerous builds not checked
Total wall time: 0:00:00
よくよく見るとpairの計算方法が揃ってないみたいだけど、ちゃんとGPUで動いててそれなりの速さで動いてるようなので、とりあえずOKってことで。
Author And Source
この問題について(NGCで遊んでみよう！ -LAMMPS編-), 我々は、より多くの情報をここで見つけました https://qiita.com/sfuruyaz/items/360ccc2cb8a756bc4e0a著者帰属：元の著者の情報は、元のURLに含まれています。著作権は原作者に属する。
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