転写グループ入門学習(一)

今日は転写グループ学習の第2課:生物情報ソフトウェアのインストールを行いました
Linuxでのcondaの特性:

オープンソース

package管理システム

環境管理システム

プラットフォーム間使用(windows,MacOS,Linux)

は基本的にすべてのプログラミング言語(Python,R,java)

をカバーしています.
Miniconda(app storeのような)をダウンロードしてインストールします.https://conda.io/miniconda.html

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh #'-c:       ’

重要なチャネルのインポート(類似アプリケーション配布市場):
私の理解は、channelは分類チャネルに似ていて、ソフトウェアやpackageはchannelの下にあります.

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda #conda ，               

#           （       ）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 

ソフトウェアインストールのアップグレードとアンインストール

検索:

conda search fastqc #        conda   

存在する場合:

conda install fastqc

もしないならば:コンパイルを通じて自分でインストールします(大きい穴で、慎重に入ります!!)

旧バージョンのソフトウェアのアップグレード:

conda install samtools = 1.41 #  samtools 1.41  
conda update samtools #   samtools    1.6.0

ソフトウェアアンインストール:

conda remove samtools

コンパイルインストールソフトウェア
1.コンパイル方法
1.1 C言語samtools

構成:

./configure --prefix =

コンパイル:

make

インストール:

make install

エラーが発生した場合、prefix

を構成します.

再コンパイル:

make clean

2.2 java
ソフトウェアはコンパイルなしで直接使用できます
2.環境変数の追加

vi .bashrc
export PATH='/home/leon/miniconda2/bin:$PATH'
#     
source .bashrc #  '. .bashrc'