OSはWindows 10です。

大雑把に言うと、「ちゃんとパスを通そう、php-cs-fixerをダウンロードしよう」ということです。

「Could not find 'php'. The program may not be installed.」と怒られた

私は、少し前にXAMPPをインストールしてPHPを勉強し始めた初心者です。
色んなエディターを試してみて、「Atom」が良いかな～、なんて思っていたのですが、自動でコードを整形してくれるプラグイン「atom-beautify」を使おうとすると、「Could not find 'php'. The program may not be installed.」と怒られました。
直接的な解決法が見つからなかったので、書き残しておきます。

phpのフォルダにパスを通そう

エラー文から察するに、atom-beautify(もしくはAtom自体)にはPHPがインストールされていないように見えているようです。
XAMPP内のphpに上手くパスを通せば動くのかもしれませんが、いっそのこと普通にPHPをインストールしようと思いました。
(多分、XAMPPだとパスとか意識しなくても良くなっちゃうから、こういう問題が起こるんでしょうね)
インストール(と言ってもダウンロードして配置するだけですが)とパスを通す方法は、「PHPのダウンロードとインストール | PHPインストールと初期設定」なんかが参考になると思います。

今度は「Could not find 'php-cs-fixer'. The program may not be installed.」と怒られた

すると、今度は「Could not find 'php-cs-fixer'. The program may not be installed.」と怒られるようになってしまいました。
こちらは検索すれば解決したのですが、ちょっと(と言うか結構)戸惑ったので書き残しておきます。

php-cs-fixerをダウンロードしよう

こちらの「Installation」の「Locally」から「php-cs-fixer.phar(もしくはphp-cs-fixer-v2.phar)」をダウンロードして、phpのフォルダに配置しましょう。

php-cs-fixer.pharの絶対パスを入力しよう

Atomの「ファイル→環境設定→パッケージ→atom-beautify」にある設定画面で、php-cs-fixer.pharの絶対パス(例：C:\php\php-cs-fixer-v2.phar)を入力しましょう。

ただし、ここで注意点。
下の方にある「PHP(項目が沢山ある)」の中の「PHP-CS-Fixer PATH」に入力してしまうと、「The "PHP - PHP-CS-Fixer Path (cs_fixer_path)" configuration option has been deprecated. Please switch to using the option in section "Executables" (near the top) in subsection "PHP-CS-Fixer" labelled "Path" in Atom-Beautify package settings.」と怒られます。
上から2番目の「Executables」の中の「PHP-CS-Fixer(項目が1つしかない)」の中の「Binary/Script Path」に入力しましょう。
(開閉を表すアイコンが非常に分かり難いので気を付けてください・・・)

はい、動きました

・・・私は動きました。