atom-beautifyの導入に成功した私ですが、そのままではphpファイル内のHTML部分までは整形されないことが分かりました。

PHP部分とHTML部分を別々に整形しよう

どうやら、一括でPHP部分とHTML部分を整形することはできないようです。
なので、2回に分けて整形する必要があります。
方法は・・・

1. 普通に整形する(PHP部分が整形される)
2. 画面右下にある「PHP」という部分をクリックすると言語の一覧が出てくるので、「HTML」を選ぶとそのファイルをHTMLファイル扱いにすることができる。後は先ほどと同じように整形する(HTML部分が整形される)

以上です。

キーバインド(ショートカットキー)に登録しよう

毎回こんな操作を行うのは面倒なので、一発でHTML扱いとして整形できるようにしましょう。
方法は・・・

1. 「C:\Users\User\.atom」にある「keymap.cson」を開く
2. 「'atom-text-editor':」(コメントアウトされているかもしれません)の後にキーバインドを書き込む(例：「'ctrl-shift-h': 'atom-beautify:beautify-language-html'」と書き込むと「Ctrl+Shift+H」で登録されます。

以上です。