結論

google-chrome --app=chrome-extension://ophjlpahpchlmihnnnihgmmeilfjmjjc/index.html

雑記

Linux環境でLINEを開く場合、
1. Chromeを開く
2. LINE Extensionをクリック

のような2度手間が発生していました。

各コマンドについて

• google-chrome: KDEのQuickLaunch等のアイコンに適用する場合はwhich chromeとかで実パスを調べましょう
  私の環境では/usr/bin/google-chrome-betaでした。

• --app=: このオプションでURLバーとかが消えます。新規ウィンドウで開かれます。

• chrome-extension://ophjlpahpchlmihnnnihgmmeilfjmjjc/index.html: LINE Extensionの実体は32文字のIDで、これは拡張機能の詳細画面で確認できます。
  また、index.htmlはすべてのアプリで同じではなく、拡張機能の種類によってhome.htmlとかapp.htmlとか様々です。

他にも

• --new-window: このオプションをつけると新規ウィンドウで開きます。 例) 新規タブで開く(URLバーとか付き。普通のリンクと同じ扱い):

google-chrome chrome-extension://ophjlpahpchlmihnnnihgmmeilfjmjjc/index.html

例) 新規ウィンドウで開く(URLバーとか付き。普通のリンクと同じ扱い):

google-chrome --new-window chrome-extension://ophjlpahpchlmihnnnihgmmeilfjmjjc/index.html

例) アプリっぽく開く(URLバーとかなし):

google-chrome --app-id=chrome-extension://ophjlpahpchlmihnnnihgmmeilfjmjjc/index.html