ITK-SNAPを用いてケチな動作を行い、maskの例を保存する。

問題の説明:
画像の背景を消したいです。中心部分だけ残してください。
ターゲット:
1.ITK-SNAPを利用して二値化ラベルを作成する（即ちmark）
2.ソフトウェアITK-SNAPを利用して、一枚の画像の中で自分の欲しい部分を抽出する。
ステップ:
1.markを保存します
ITK-SNAPを開けます。これは絵を描く作業がしやすく、ラベルを作成するソフトウェアです。
1.勾画ボタンをクリックする

2.画像の中で点を選んで描画する

3.勾画が完了したらacceptをクリックして、描いたエリアがラベルの色で覆われているのが見えます。

4.マウスをスクロールして次のレイヤー（3 D画像について）に行って、引き続きトレースします。
tips:「paste last polygon」ボタンをクリックして上のレイヤーの描画結果を使って、ドラッグして枠を修正できます。

5.勾画が完了したら、ctrl+Sで画像を保存します。このとき保存されているのは二値化されたmarkです。（ラベル）
（背景部分は0、ハイライトエリアは設定されたlabel値、ここは1）

2.抽出対象区域（ケチャップ）
思想：保存された二値化されたmarkを元の画像に点をつければ、無関係の背景を取り除くことができ、中心領域のターゲット画像を得ることができます。
方法：（nii形式の画像に対して）

import nibabel as nib
import numpy as np

index = list(['1','14','4','5','7','70','148'])#  7      
for i in range (len(index)):
 #    
 nii_file = '/home/YinXiaolong/1909/MRBrainS18_data/training_corrected_selected/'+index[i]+'/data/reg_IR.nii.gz'
 nii_file2 = '/home/YinXiaolong/1910/mask_multiple/mask/' +'mask'+ index[i]+ '.nii.gz'
 #    
 img = nib.load(nii_file).get_fdata()
 img2 = nib.load(nii_file2).get_fdata()
 #      
 img3 = np.multiply(img,img2)
 #      nii
 array_img = nib.Nifti1Image(img3,None)
 #     
 nib.save(array_img, 'reg_IR'+'_'+index[i]+'.nii')
 print('img'+index[i]+'Done')

一般的なフォーマットの画像についてはnumpyの中のmultiply（img 1，img 2）を利用して2つの画像の乗算をすれば良い。
以上、ITK-SNAPを使ってケチな図を使って、markを保存した例は、小编で皆さんに共有した内容の全てです。