VMD/NAMDコマンド/ルール
8074 ワード
循環水環境の追加
package require solvate
solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb
-t (override with any of the following)
-o (data will be written to output.psf/output.pdb)
イオン中和余分電荷の添加
autoionize
-psf
file.psf
-pdb
file.pdb
[options]
VMDのextension>modeling>add ionsのautoionizeを直接使用して完了できます.
TK consoleですべての原子を選択し、psfとpdbファイルを保存
参考:Autoionize Plugin
コマンドモードubqを実行する.pgn
> vmd -dispdev text -e ubq.pgn
測定サイクル最大最小境界
set everyone [atomselect top all]
measure minmax $everyone
測定周期中心点
set everyone [atomselect top all]
measure center $everyone
しつりょうセンタ
measure center $sel weight mass
位置移動
atomselect0 moveby {1 1 6}
#選択した原子を1,1,6ベクトル方向と距離に移動
atomselect0 moveto { 3 6 5}
#選択内容を3,6,5の位置に移動
原文:VMDのTKコンソールに組み込まれたコマンド
resname/chain/residの設定
mol load pdb fileA.pdb
set sel [atomselect top "serial <=9"]
$sel set resname CD
$sel set chain X
$sel set resid 8
set all [atomselect top all]
$all writepdb fileB.pdb
refer the VMD Graphical Representations>Selections>Keyword for more values
トップファイル
IC A B C D [bond(AB)] [angle(ABC)] [dihedral(ABCD)] [angle(BCD)] [bond(CD)]
IC A B *C D [bond(AC)] [angle(BCA)] [improper(ABCD)] [angle(BCD)] [bond(CD)].
The * next to the C atom indicates that it is at the center of an improper angle definition. No * indicates that the 4 atoms do not have an improper topology.
Specifying IC’s is not necessary if you already have all the atoms in your PDB file. The entries are simply there
to have a way to create missing atoms from the positions of present ones.
参考:NAMD topology-tutorial
VMDキー長単位
number in the “Value” field corresponds to the length of the bond in
?ngstroms
.
reference: Using VMD - An Introductory Tutorial
psfgenコマンド
pdbalias residue HOH TIP3 #aliasing residue HOH to TIP3
pdbalias atom TIP3 O OH2 #aliasing residue TIP3 atom O to OH2
vmdでtkコマンドでファイルを開く
mol new filename.psf
#ファイルを開く
mol addfile filename.pdb#別のファイルを開き、最初のファイル構造に重ねます.
さいてきぶんしすう
Presently, the maximum number of atoms one can expect to realistically compute with high level quantum chemistry is approximately 120 atoms
へいこうじょうたいシミュレーション
一般的なシミュレーションの構想は、まずNVTの下であなたの溶質(剤)を制約して制限的なシミュレーションを行い、これは昇温の過程であり、温度があなたの設定に達した後、NPTシミュレーションを行い、この過程はシステムの圧力を調整してシステム密度を収束させる.
一定時間の平衡シミュレーションを経て,システム緩和が完全に除去されたと決定した後,データの取得を開始できるようになった.どのように体系が平衡に達することを判断するか、簡単に言えば以下のいくつかの方式を通じて、1、エネルギー(ポテンシャルエネルギー、運動エネルギーと総エネルギー)が収束しているかどうかを見ることができます;2、系統の圧力の強さ、密度などが収束しているかどうかを見ることができます;3系統のRMSDがあなたが受け入れることができる範囲に達しているかどうかを見ることができます、など.
昇温・降温制御
# IF Heating
reassignFreq 2000
reassignTemp 100
reassignIncr 1
reassignHold 300
100 Kから300 Kまで上昇し、2000ステップごとに1 K上昇
# IF Cooling
reassignFreq 2000
reassignTemp 300
reassignIncr -1
reassignHold 100
こていぶんし
all atoms with a value of 1 (or a number different of 0) in a predetermined column will be fixed; atoms with a value of 0 in the same column will not be affected.
load pdb file into the psf file in vmd
in TKcon
set allatoms [atomselect top all]
$allatoms set beta 0
set fixedatom [atomselect top "resid 1 and name CA"]
$fixedatom set beta 1
$allatoms writepdb fileName.ref
プルアトム
to set which atom is to be pulled (SMD atom).uses the occupancy column of the pdb file to distinguish it
set allatoms [atomselect top all]
$allatoms set occupancy 0
set smdatom [atomselect top "resid 76 and name CA"]
$smdatom set occupancy 1
$allatoms writepdb fileName.ref
ひっぱりほうこう
set smdpos [lindex [$smdatom get {x y z}] 0]
set fixedpos [lindex [$fixedatom get {x y z}] 0]
vecnorm [vecsub $smdpos $fixedpos]
run a NAMD simulation
namd2 +p[procs] configfile > outfile
力場における二面角逆序正序区別
ソフトの二面角に正負があるのは、4番原子が123番原子平面のどちら側にあるかを考慮しなければならない.MSの二面角を挙げると、順次点1234で計4個の原子があり、二面角は123平面と234平面の二面角を指し、23の軸に沿って見ると、1番原子は4番原子の反時計回り(左手)に正の値をとり、逆に負の値をとる.絶対値は[080]にある.
原文抜粋:二面角とねじれ角の違い
Reversing the atoms in a
proper
dihedral does not have any mathematical or practical consequences. Conversely, the ordering of the atoms is very important for
improper
dihedrals.
原文抜粋:Parameters for a Protein-RNA covalent bond
力場パラメータ図
画像ソース:Brève introductionàlamécanique(MM)etàla dynamicquemoléculaire(DM)
トポロジーファイルAUTOGENERATE ANGLES DIHEDRA
L
AUTOgenerate default options to be used when building a sturcture.AUTO ANGLes specifies that all possible angles and DIHEdral specifies that all possible dihedral angles be generated when building a structure.
If these options are not included the angles and/or dihedrals must be listed explicitly in the topology file
原文转自:CHARMM c 38 b 1 rtop.doc
named NPT計算プロセスエラーPeriodic cell has become too small for original patch grid解決方法を開始
I have a different approach to fixing this problem. I believe that the underlying cause of this error is that the system is resizing too quickly (due to the system pressure being far from the specified pressure). To slow the resizing down I increase langevinPistonPeriod to 1000 and langevinPistonDecay to 500 for a short time when I start the NPT simulation, and then switch to the normal values of 100 and 50.
For example, in your case I would do one input file for 100 ps with a constraintscaling of 10, langevinPistonPeriod of 1000, and a langevinPistonDecay of 500. Then I would load the restart files into a new simulation and proceed as you were above. Also, by restarting the simulation you are forcing NAMD to re-assign the patches, which will help prevent this error.
原文抜粋:Re:Periodic cell has become too small for original patch grid!
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
問題はnvt計算が完了してから初めてnptを行うときに発生する.namedのメールリストを探すことで、最後に周期的なボックス設定であることを発見したときに数値を四捨五入し、ケースはnpt計算中に溶剤環境密度が小さすぎる(ケース体積が大きすぎて、分子総数が一定で、最終的に水溶液密度が低すぎる).解決方法は、周期ケースの大きさを直接四捨五入することはできず、ケース体積と分子総数が溶液の密度を得るのに適切なメリットがあるかどうかを考慮しなければならない.この方法を変更した後、順調に計算し、エラーを提示する.
namd系密度の計算
まず系の質量を計算し,次にnamd出力の体積に基づいて両者を除去すればよい.プロセスは次のとおりです.
例:
C
11
H
1596
O
790
N
2
各原子の個数を表しています
mass=(11*12+1596*1+790*16+2*14)/NA単位はグラムである.
NAはアボガドロ定数:
6.02214129(27)×1023
密度はmass/Vです
原文抜粋:heating過程で水箱の形状が変化する
VMDコンピューティングSASA(solvent-accessible surface area)
コンソールでコマンドを実行すると、次のことができます.
set all [atomselect top "all"]
set some [atomselect top "resid 1 to 5"]
measure sasa 1.4 $all -restrict $some -points sasapoints
foreach pt $sasapoints {
draw point $pt
}
以上、ウィンドウに1〜5番アミノ酸の溶媒および表面をpointで示すことができる.もちろん、ブラウズせずに計算する必要がある場合は、次のようにします.
set all [atomselect top "all"]
set some [atomselect top "resid 1 to 5"]
measure sasa 1.4 $all -restrict $some
もし1-5番のアミノ酸のを除いてどれだけ計算することができるかを少し見たいならば
set someothers [atomselect top "not(resid 1 to 5)"]
measure sasa 1.4 $all -restrict $someothers
2つの値を加算して、そうかどうかを確認します.
measure sasa 1.4 $all
得られた結果.
原文抜粋:溶剤可及表面積(Solvent Accessible Surface)-Biochemingについて
try VMD timeline Tool to calculate the change in SASA over time.
Load the molecule and trajectory and then go to:
Extensions -> Analysis -> Timeline.
SASA is one of the many parameters you can calculate in the Timeline window.
原文抜粋:How to calculate solvent accessible surface(SASA)?-Uttam Pal
package require solvate
solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb
-t (override with any of the following)
-o (data will be written to output.psf/output.pdb)
イオン中和余分電荷の添加
autoionize
-psf
file.psf
-pdb
file.pdb
[options]
VMDのextension>modeling>add ionsのautoionizeを直接使用して完了できます.
TK consoleですべての原子を選択し、psfとpdbファイルを保存
参考:Autoionize Plugin
コマンドモードubqを実行する.pgn
> vmd -dispdev text -e ubq.pgn
測定サイクル最大最小境界
set everyone [atomselect top all]
measure minmax $everyone
測定周期中心点
set everyone [atomselect top all]
measure center $everyone
しつりょうセンタ
measure center $sel weight mass
位置移動
atomselect0 moveby {1 1 6}
#選択した原子を1,1,6ベクトル方向と距離に移動
atomselect0 moveto { 3 6 5}
#選択内容を3,6,5の位置に移動
原文:VMDのTKコンソールに組み込まれたコマンド
resname/chain/residの設定
mol load pdb fileA.pdb
set sel [atomselect top "serial <=9"]
$sel set resname CD
$sel set chain X
$sel set resid 8
set all [atomselect top all]
$all writepdb fileB.pdb
refer the VMD Graphical Representations>Selections>Keyword for more values
トップファイル
IC A B C D [bond(AB)] [angle(ABC)] [dihedral(ABCD)] [angle(BCD)] [bond(CD)]
IC A B *C D [bond(AC)] [angle(BCA)] [improper(ABCD)] [angle(BCD)] [bond(CD)].
The * next to the C atom indicates that it is at the center of an improper angle definition. No * indicates that the 4 atoms do not have an improper topology.
Specifying IC’s is not necessary if you already have all the atoms in your PDB file. The entries are simply there
to have a way to create missing atoms from the positions of present ones.
参考:NAMD topology-tutorial
VMDキー長単位
number in the “Value” field corresponds to the length of the bond in
?ngstroms
.
reference: Using VMD - An Introductory Tutorial
psfgenコマンド
pdbalias residue HOH TIP3 #aliasing residue HOH to TIP3
pdbalias atom TIP3 O OH2 #aliasing residue TIP3 atom O to OH2
vmdでtkコマンドでファイルを開く
mol new filename.psf
#ファイルを開く
mol addfile filename.pdb#別のファイルを開き、最初のファイル構造に重ねます.
さいてきぶんしすう
Presently, the maximum number of atoms one can expect to realistically compute with high level quantum chemistry is approximately 120 atoms
へいこうじょうたいシミュレーション
一般的なシミュレーションの構想は、まずNVTの下であなたの溶質(剤)を制約して制限的なシミュレーションを行い、これは昇温の過程であり、温度があなたの設定に達した後、NPTシミュレーションを行い、この過程はシステムの圧力を調整してシステム密度を収束させる.
一定時間の平衡シミュレーションを経て,システム緩和が完全に除去されたと決定した後,データの取得を開始できるようになった.どのように体系が平衡に達することを判断するか、簡単に言えば以下のいくつかの方式を通じて、1、エネルギー(ポテンシャルエネルギー、運動エネルギーと総エネルギー)が収束しているかどうかを見ることができます;2、系統の圧力の強さ、密度などが収束しているかどうかを見ることができます;3系統のRMSDがあなたが受け入れることができる範囲に達しているかどうかを見ることができます、など.
昇温・降温制御
# IF Heating
reassignFreq 2000
reassignTemp 100
reassignIncr 1
reassignHold 300
100 Kから300 Kまで上昇し、2000ステップごとに1 K上昇
# IF Cooling
reassignFreq 2000
reassignTemp 300
reassignIncr -1
reassignHold 100
こていぶんし
all atoms with a value of 1 (or a number different of 0) in a predetermined column will be fixed; atoms with a value of 0 in the same column will not be affected.
load pdb file into the psf file in vmd
in TKcon
set allatoms [atomselect top all]
$allatoms set beta 0
set fixedatom [atomselect top "resid 1 and name CA"]
$fixedatom set beta 1
$allatoms writepdb fileName.ref
プルアトム
to set which atom is to be pulled (SMD atom).uses the occupancy column of the pdb file to distinguish it
set allatoms [atomselect top all]
$allatoms set occupancy 0
set smdatom [atomselect top "resid 76 and name CA"]
$smdatom set occupancy 1
$allatoms writepdb fileName.ref
ひっぱりほうこう
set smdpos [lindex [$smdatom get {x y z}] 0]
set fixedpos [lindex [$fixedatom get {x y z}] 0]
vecnorm [vecsub $smdpos $fixedpos]
run a NAMD simulation
namd2 +p[procs] configfile > outfile
力場における二面角逆序正序区別
ソフトの二面角に正負があるのは、4番原子が123番原子平面のどちら側にあるかを考慮しなければならない.MSの二面角を挙げると、順次点1234で計4個の原子があり、二面角は123平面と234平面の二面角を指し、23の軸に沿って見ると、1番原子は4番原子の反時計回り(左手)に正の値をとり、逆に負の値をとる.絶対値は[080]にある.
原文抜粋:二面角とねじれ角の違い
Reversing the atoms in a
proper
dihedral does not have any mathematical or practical consequences. Conversely, the ordering of the atoms is very important for
improper
dihedrals.
原文抜粋:Parameters for a Protein-RNA covalent bond
力場パラメータ図
画像ソース:Brève introductionàlamécanique(MM)etàla dynamicquemoléculaire(DM)
improper
dihedral
By convention, the first atom of an improper
dihedral (type A-X-X-B or A-B-C-D) is usually the central atom. This had
been a general rule in the past.
：CHARMM c32b2 parmfile.doc
トポロジーファイルAUTOGENERATE ANGLES DIHEDRA
L
AUTOgenerate default options to be used when building a sturcture.AUTO ANGLes specifies that all possible angles and DIHEdral specifies that all possible dihedral angles be generated when building a structure.
If these options are not included the angles and/or dihedrals must be listed explicitly in the topology file
原文转自:CHARMM c 38 b 1 rtop.doc
named NPT計算プロセスエラーPeriodic cell has become too small for original patch grid解決方法を開始
I have a different approach to fixing this problem. I believe that the underlying cause of this error is that the system is resizing too quickly (due to the system pressure being far from the specified pressure). To slow the resizing down I increase langevinPistonPeriod to 1000 and langevinPistonDecay to 500 for a short time when I start the NPT simulation, and then switch to the normal values of 100 and 50.
For example, in your case I would do one input file for 100 ps with a constraintscaling of 10, langevinPistonPeriod of 1000, and a langevinPistonDecay of 500. Then I would load the restart files into a new simulation and proceed as you were above. Also, by restarting the simulation you are forcing NAMD to re-assign the patches, which will help prevent this error.
原文抜粋:Re:Periodic cell has become too small for original patch grid!
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
問題はnvt計算が完了してから初めてnptを行うときに発生する.namedのメールリストを探すことで、最後に周期的なボックス設定であることを発見したときに数値を四捨五入し、ケースはnpt計算中に溶剤環境密度が小さすぎる(ケース体積が大きすぎて、分子総数が一定で、最終的に水溶液密度が低すぎる).解決方法は、周期ケースの大きさを直接四捨五入することはできず、ケース体積と分子総数が溶液の密度を得るのに適切なメリットがあるかどうかを考慮しなければならない.この方法を変更した後、順調に計算し、エラーを提示する.
namd系密度の計算
まず系の質量を計算し,次にnamd出力の体積に基づいて両者を除去すればよい.プロセスは次のとおりです.
例:
C
11
H
1596
O
790
N
2
各原子の個数を表しています
mass=(11*12+1596*1+790*16+2*14)/NA単位はグラムである.
NAはアボガドロ定数:
6.02214129(27)×1023
密度はmass/Vです
原文抜粋:heating過程で水箱の形状が変化する
VMDコンピューティングSASA(solvent-accessible surface area)
コンソールでコマンドを実行すると、次のことができます.
set all [atomselect top "all"]
set some [atomselect top "resid 1 to 5"]
measure sasa 1.4 $all -restrict $some -points sasapoints
foreach pt $sasapoints {
draw point $pt
}
以上、ウィンドウに1〜5番アミノ酸の溶媒および表面をpointで示すことができる.もちろん、ブラウズせずに計算する必要がある場合は、次のようにします.
set all [atomselect top "all"]
set some [atomselect top "resid 1 to 5"]
measure sasa 1.4 $all -restrict $some
もし1-5番のアミノ酸のを除いてどれだけ計算することができるかを少し見たいならば
set someothers [atomselect top "not(resid 1 to 5)"]
measure sasa 1.4 $all -restrict $someothers
2つの値を加算して、そうかどうかを確認します.
measure sasa 1.4 $all
得られた結果.
原文抜粋:溶剤可及表面積(Solvent Accessible Surface)-Biochemingについて
try VMD timeline Tool to calculate the change in SASA over time.
Load the molecule and trajectory and then go to:
Extensions -> Analysis -> Timeline.
SASA is one of the many parameters you can calculate in the Timeline window.
原文抜粋:How to calculate solvent accessible surface(SASA)?-Uttam Pal