結論

• IE11の仕様でローカルに配置したproxy.pacは読み込めない（file://~~でアクセスできない）
• レジストリを変更する回避策が存在したが、Windows10（CreatorsUpdate以降）からは使えない
• 対策はWebサーバを立ててproxy.pacを配置し、http://~~でproxy.pacを読み込むこと

参考サイト

IE11でローカルに配置されたプロキシ自動構成スクリプトが読まれない件

経緯など

IEしか使えないアプリにアクセスするため、pacファイルを使ってプロキシの経路を制御する要件が発生した。
ネット上のテンプレートを見ながら作成し、ローカルに配置して読み込ませるも効いていない（proxy経由を指定したサイトなのに直接接続してしまう）。設定を共用しているChromeはなぜか意図通りにproxyを経由する。IEとchromeでpacの文法が違う？との盛大な勘違いで大幅に時間をロスした。

同じような人が増えない事を祈り、有益な情報を掲載されている参考サイトの情報拡散にご協力差し上げたいとの意図から、本投稿を作成するものであります。

多分一番簡単なWebサーバの建て方

Linuxにnginx入れてpacファイルを以下に配置。
/usr/share/nginx/html/proxy.pac

インターネットオプションの「自動構成スクリプトを使用する」に以下を記載。
http://<IP address>/proxy.pac