対処法

ググったら出てくる他の様々な対処法を実行してみる前にまずやってほしいです。
いきなり結論からですがターミナルのcdの場所を確認してください。

例えば1章なら

ec2-user:~/environment/hello_app (master) $ 

2章なら

ec2-user:~/environment/toy_app (master) $ 

の様な状態になっていたらokです。

日をまたいで学習したりするとcloud9がリログしてるっぽい画面になり、ターミナルが

ec2-user:~/environment (master) $ 

の様なappではない場所に戻っていることがあります。

これに気付かないでターミナルを操作しているとタイトルにあるような

• Bitbucketへ反映されない
• git push heroku masterでエラーが出る(デプロイできない)
• インストールしたはずのHerokuが消える

みたいな問題が発生してしまいます。
(実際私がこれらの問題で頭を抱えておりました……。)

もし戻っていましたら

cd ~/environment/hello_app/

のコマンドで再び自分が作業しているappの場所へ移動してください。

超初心者な内容ですが問題に直面している方の解決になれたら幸いです。